首先，虽然如上所述，在瑕疵证据的补正阶段，解决的是证据能力问题，并非证明力问题，但对于欠缺真实性保证条件的瑕疵证据来说，若不将其排除，就可能会影响事实认定的准确性。司法公正必须以案件事实的认定为基础，对于刑事诉讼来说，事实问题尤为重要。正如美国著名法官卡多佐说：“对于绝大多数人来说，法律诉讼都是罕事，是灾难性的经历，并且，即使发生了这样的灾难，最经常与争议相连的也不是法律；而是事实。”{5}而证据则是认定事实的基础，因此若某一证据对于事实认定无价值，或有负价值，就应当排除出诉讼程序。欠缺真实性保证条件的瑕疵证据因为没有保证真实性的条件，真假难以确定，若再让其进行补正，进而采纳并进行证明力审查的话，难免会影响法官的事实认定过程，产生混淆视听的负面效果，所以基于事实认定对于刑事诉讼的重要性，不应将这类证据纳入证明力审查阶段，而应直接排除。例如在侦查过程中一些单位出具的交通违法记录、交易记录、通讯记录等记录类证据，若在出具时单位并未盖章，就形成了证据瑕疵。在几个月甚至几年之后，侦查机关对证据进行补正，但如果这时这些单位已经删除或清空了原始记录数据，无法与当时出具的记录进行对照，即使应侦查机关要求加盖了公章，也无法保证当时出具的记录是真实的。法官如果采纳这类经补正的记录类证据，势必会影响其心证，甚至造成错误的事实认定，尤其是在这类证据是案件关键证据的情况下。
其次，从证据法理上看，之所以对一般瑕疵证据不直接排除，而是给予其补正的机会，是因为瑕疵证据通常并未严重侵害当事人的基本权利，因此在证明资源有限的前提下，可以认为瑕疵证据的证明价值大于其合法性要件欠缺所损害的法秩序价值。正因为这样采纳经过补正的瑕疵证据才有其正当性，否则完全可以将瑕疵证据像非法证据那样一律排除。但是，如果瑕疵证据欠缺真实性保证条件，其证明价值就减小甚至消失了。在这种情况下若再采纳瑕疵证据，就失去了正当性。如法律对于物证、书证的提取规定了严格的程序，要制作完整、详细的勘查、提取笔录，侦查人员、持有人、见证人要签名，若是物证照片、书证复制件，还需说明制作过程并标明原件所在地等等。这些严格的取证程序一方面是为了保证证据的真实性，另一方面是为了保障取证程序的规范性与统一性，消除取证过程中的随意性。若物证、书证在这些方面存在瑕疵，但有条件保证其真实性，如见证人虽未签名，但事后可以证明其见证过程，那么就可以认为，物证、书证的证明价值依然大于其瑕疵所造成的损害。但若欠缺真实性保证条件，如根本未邀请见证人在场，就无法保证物证、书证的提取是合法的，也无法保证证据是真实的。因此对于这样的物证、书证，再进行补正，意义已经不大，无助于案件事实的证明，反而不利于抑制违法取证行为，所以应当将其排除。
