关于第二个问题，控方在审判阶段明确提出要对某瑕疵证据进行补正，应当由法官来裁判是否允许，这是对法官裁判权的尊重。因为在审判阶段，诉讼主导权即从检察机关转移至法院[4]，法院主导权的一个重要体现便是在审判前的准备过程以及审判过程中常常采取与证据调查相伴随的若干强制性处分措施，这些都属于法院审判权的范围，应由法院统一决定。此外，法官还要决定当事人的问题是否被允许提出，以及其它有争议的诉讼问题，并负责维持法庭秩序{4}。而证据问题则是审判阶段最为关键的问题，因此，对于证据问题上的争议，理应由法官进行裁判。正如非法证据的排除是由法官进行裁判一样，瑕疵证据是否允许补正以及最终采纳与否的判断当然也应由法官作出，否则任由控方决定是否对某一证据进行撤回、补正，无疑是对法官裁判权的侵犯。再者如上所述，对于某一证据是瑕疵证据还是非法证据，也不应当由控方自己决定，而应由法官在综合听取双方意见后进行判断，若是非法证据，就应当予以排除，而不应允许补正。由法官进行裁判保证了瑕疵证据补正程序的公正性，如果控方可以擅自决定补正与否，必然导致公众怀疑审判的公正性。
二、瑕疵证据补正后并非直接成为定案根据
瑕疵证据中的“瑕疵”是指证据在合法性要件上存在“瑕疵”，因此影响其证据能力。对瑕疵证据进行补正后，瑕疵证据的“瑕疵”得以修复，因此就具备了证据能力，可以作为证据使用。瑕疵证据的补正只是解决了证据能力问题，而不是证明力问题。所以经过补正的瑕疵证据并不意味着可以直接作为定案根据，是否能成为定案根据，还要由法官进行证据的真实性、证据之间是否一致、是否存在矛盾的审查以及证明力大小的判断，经查证属实才能成为定案根据。即便在对瑕疵证据的补正过程中需要采取一些方式对证据的真实性进行证明，如对于勘查笔录、鉴定意见以及证人证言等证据存在瑕疵的，让勘查人员、鉴定人员、证人出庭作证，或者提供讯问录音录像等，但这些方式只是证明瑕疵证据并未因其瑕疵而失去真实性，以此对瑕疵进行补正，从而使法官相信，虽然证据存在瑕疵，但未影响其真实性。如果法官相信证据确实未因瑕疵而失去真实性，证据就得到了补正，能够被采纳。但是否能够被采信而成为定案根据则是另外一个判断过程，即证明力的判断过程。由此可见瑕疵证据的补正所修复的是其证据能力，并非是对证明力的修复和补强。以上过程如图所示，即
从“两个证据规定”的表述也可看出这一过程。如《办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》第9条规定：“物证、书证的收集程序、方式存在下列瑕疵，通过有关办案人员的补正或者作出合理解释的，可以采用：（一）……。”第14条规定：“证人证言的收集程序和方式有下列瑕疵，通过有关办案人员的补正或者作出合理解释的，可以采用（一）……。”这里的“采用”显然是指证据经补正或合理解释具备证据能力，可以作为证据使用，而不是指直接成为定案根据。而第26条则更明确地规定，勘验、检查笔录存在明显不符合法律及有关规定的情形，并且不能作出合理解释或者说明的，不能作为证据使用。
