（一）合法性审查的有限性容易造成司法审查的形式化和表面化
我国法律对行政行为合法性的要求存在某种形式主义的偏向，法院在审查行政行为时，也只能就法律要求进行合规则式的审理，而无法保证行政行为符合实质意义上的公正与合理。[8]这种审查方式的片面强调易导致机械司法，制约司法审查的强度，势必影响法律关系的最终确定。主要表现如下。
1．司法审查以被诉行政行为为中心而忽略原告的诉讼请求、诉讼目的和行为。在行政法律关系中，行政主体和相对人的权利义务关系是相反相成的，只审查被诉行政行为，而忽视行政相对人的行为，则难以全面确定行政法律关系。
2.司法审查一般只涉及合法性而不过问合理性。[9]问题是，有些情况下合理性与合法性难以区分，而严重不合理就是违法。司法实践中，即使对于一些严重不合理的问题，有些法官也会以合法性审查为挡箭牌拒绝认定违法，对于不合理之处至多向行政机关发出司法建议。[10]同时，合法性审查原则的过分强调容易导致司法审查的形式化，即行政行为形式上是否合法，而忽略其实质合法性，甚至演变成了单纯的行政程序审查，从而降低了判决结果的实效性和可接受性。司法实践中有相当一部分申诉上访案件就是因行政行为的合理性问题得不到解决而引发。
3.刻板遵循行政机关首次判断权原理，进一步压缩了司法审查权的空间。首次判断权原理作为把握行政权和司法权的关系的一项原则，对于总体上界定司法审查权界限是恰当的，对于行政机关具有首次判断权的领域，司法审查时应给予充分的尊重。而对于行政机关首次判断权不加分析地一味尊崇，势必损害司法权自身，使其定分止争、救济权利的功能难以充分发挥。如履行职责之诉中，法院仅判断被告的不作为违法，而对应当作出何种行为不予明确，则处于争议的法律关系并未得到确定，原告的合法权益也没有得到有效的救济。
（二）民行交叉案件中因不能对相关民事争议的有效处理，导致裁判后“行了民不了”甚至“行民都不了”
司法实践中，有相当一部分行政争议涉及民事法律关系，或以民事法律关系为基础，或因处理民事法律关系争议而引发。相关民事争议的消解对于行政争议的最终解决甚为关键。此时，如何正确处理相关民事法律关系往往成为实现行政争议彻底解决的基础或前提。以被诉行政行为合法性审查为核心的司法模式中，往往忽略了民事法律关系的处理，甚至不予理会，如此，自然难以实现行政争议的妥善实质解决。有时由于不能廓清行政判决的效力边界，还会对民事争议的处理造成障碍，导致问题进一步复杂化。
此外，由于相关法律对于选择民事或行政救济途径规定不明确，民事审判庭与行政审判庭对于诉讼程序选择等问题存在不同认识，又没有内部程序规则，导致一些案件审理时出现互相推诿、互相等待的情形，不仅增加了当事人的诉累，也不利于纠纷的有效化解。
（三）行政判决内容难以终局性确定争讼的行政法律关系
行政判决在对被诉行政行为审查的基础上作出，其内容主要涉及被诉行政行为的合法性、效力性评价，不必然直接确定当事人间的权利义务关系。在现有行政诉讼判决体系中，可以直接终局性确定当事人权利义务关系的只有变更判决。但变更判决的适用范围仅限于被诉行政处罚显失公正的情形。在司法实践中适应变更判决的案件寥寥无几。
