1970年3月，日本最高法院法官矢口洪一代表多数派亮出了最高法院的新思维，即通过“盖然性因果关系”与“举证责任倒置”来审理水俣病诉讼，成为“乌云中的亮光”。日本民事侵权法上原本就有“过错推定”的规则，三井矿业、昭和电工等企业排放重金属事实是否与原告水俣病间存在因果关系，根据已知证据进行“过错推定”不仅符合民法典，也是合理降低原告方证明度的要求。加之美国民事诉讼中一直就有“盖然性证明”（Proof of Preponderance）的立法与判例，二战后受美国法影响的日本在诉讼证明中引入盖然性证明理论并不奇怪。因此，1971年9月，新泻地方法院判决患者全面胜诉。审判长宫崎启一法官在最高法院的鼓舞下“百尺竿头更进一步”，在判决中引用与发展了盖然性证明理论，即“企业不能证明自己的工厂不可能成为污染源的话，事实上可以推断出存在污染，同时意味着证明了法律上因果关系。昭和电工虽然知道熊本县的水俣病对人体、生物的损害，却有如隔岸观火，对于工厂乙醛制造过程中有机水银化合物的产生、流出毫不注意，不加任何处理就作为工业废水常年排到内河与近海，构成过失”。司法前进的巨轮为最高法院及各种进步团体所推动，公害诉讼最终以原告的彻底胜诉终结，法院除判决要求企业向原告公开道歉、停止侵权外，每名因重金属污染而致死、致残的原告获得1600万至1800万日元的赔偿。
水俣病事件的诉讼结果当时为全球所瞩目，一方面是因于水俣病的惨状与患者的哀鸣触动了人们内心深处的灵魂，另一方面则是因为日本法院在关键时刻“顺应时势”合理运用、解释法律保护弱势的患者群体，恪守了司法正义的底限。法官所创设的“盖然性证明”判例也开启了日本二战后民事诉讼的新篇章，在特殊侵权诉讼中通过适度降低弱势原告的证明责任，同时也实现诉讼结果上的“举证责任倒置”，这成为世界法制史上日本法官群体值得称颂的贡献。
水俣病的判决精神也影响到日本的刑事诉讼，当下的日本在学说与制度上均肯定“疫学的因果关系”标准。即在公害犯罪案件中，如果检察官能够举证证明“疫学上的因果关系”的成立，污染企业应当被追究罪责。证明疫学上的因果关系无须达到“犯罪事实清楚、证据确实充分”的绝对客观真实标准，而只需根据疫学原理及统计学方法证明公害污染与患病之间达到较高的“盖然性优势”即可。诉讼证明不同于自然科学上的科学学说证明，自然科学实验要求严格的实验条件、实验程序及实验数据，科学学说的证明需达到“排除所有合理的怀疑”方能为科技界所公认。但是在特定的公害犯罪案件中，诉讼证明却无必要达到“排除所有合理怀疑”。
