（二）刑事立案监督程序存在漏洞。根据刑事诉讼法及《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》和《人民检察院刑事诉讼规则》的有关规定，检察机关进行刑事立案监督工作，一般是按照下列程序进行：刑事立案监督案件的受理—要求刑事立案主体说明不立案理由→认为刑事立案主体说明的不立案的理由不成立时通知立案侦查→对有刑事立案侦查权的案件审查决定直接立案侦查→报上级检察机关备案与审查。
具体说来，刑事立案监督案件的受理有两种情况：一是人民检察院发现公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，由侦查监督部门审查后，认为需要公安机关说明不立案理由的，经检察长批准，应当要求公安机关在七日内书面说明不立案理由。认为公安机关不立案的理由不能成立，应当通知公安机关立案。公安机关在收到《要求说明不立案理由通知书》后七日内应当将说明情况进行书面答复，人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立，应当向公安机关发出《通知立案书》，公安机关应当在《通知立案书》发出后十五日内决定立案，并将立案决定书送达人民检察院。二是公安机关对应当立案侦查的案件作出不立案决定后，被害人不服要求追究行为人的刑事责任而向人民检察院提出的，人民检察院控告申诉部门受理后，认为公安机关说明的不立案理由不能成立，应当通知公安机关立案，方式和时限与前一种情况相同。如果公安机关不立案理由符合法律规定，应当由控告申诉部门将不立案理由告知被害人，做好解释和说服工作。而对其他刑事立案主体的法律监督，法律未作明确规定，这又出现一个无法可依的现象。
人民检察院通知刑事立案主体立案，刑事立案主体应当立案，人民检察院依法对通知立案的执行情况进行监督。对于刑事立案主体接到通知立案书后不立案的，法律没有规定。同时检察机关对自侦案件的立案监督更是无法实施。
（三）目前检察机关还没有专门的刑事立案监督机构。科学、合理、高效的机构是刑事立案监督的组织保障。人民检察院刑事诉讼规则规定，检察机关的刑事立案监督职能分别由侦查监督部门和控告申诉部门行使。侦查监督部门监督审查批捕中对发现的刑事立案违法行为，控告申诉部门主要受理当事人对刑事立案活动中违法行为的申诉。刑事立案监督是独立于侦查监督的一种法律监督形式，其性质、对象、措施等与其他形式的法律监督有着根本的不同。将本该由一个专门部门行使的独立职能人为地割裂开来，混淆了立案监督与其它监督的界限，降低了刑事立案监督的法律地位，既不利于刑事立案监督活动的开展，又分散了精力。目前严重存在的立而不侦的现象，也是让监督者与被监督者出现扯皮的症结之一，如果有了专门的刑事立案监督机构，通过完善立法，就可以进行有效的监督。
