区别对待原则
刑诉法对非法言词证据和非法实物证据设置了不同的排除条件，对前者设置了充分的排除条件，即只要是非法证据就必须排除；对后者设置了选择的排除条件，证据的非法性只是排除要件之一而非全部。刑诉法第54条第1款规定，采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的，应当予以补正或者作出合理解释；不能补正或者作出合理解释的，对该证据应当予以排除。
存疑排除原则
刑诉法第58条规定，对于经过法庭审理，确认或者不能排除存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，对有关证据应当予以排除。“确认”和“不能排除”是两种不同的标准，“确认”是必须有证据证实；“不能排除”是没有证据证实，但不符合常理和逻辑，不能作出合理解释。如犯罪嫌疑人虽然不能证实其受到刑讯逼供的具体情节，但公诉人声称犯罪嫌疑人的身体伤残系“躲猫猫”、“玩跳跳”等行为形成，这种解释就不符合逻辑和常理，就应当排除犯罪嫌疑人当时所作的供述。
庭前为主原则
根据刑诉法规定，在法庭审判阶段排除非法证据，既可以在庭前会议进行，也可以在法庭审判过程中进行。有人认为，排除非法证据应当在庭前进行，否则会造成诉讼无谓的中断，增加诉讼成本。另一种观点认为，如果非法证据在前两个诉讼阶段没有排除，到了审判阶段，不开庭必然很难排除。因为庭前程序只是“了解情况，听取意见”，不可能强制性地排除非法证据。
笔者认为，最好是在庭前程序解决非法证据问题，如果一方在开庭前提出排除非法证据的申请，法庭就应告知另一方，另一方同意排除的，法官应当在庭前会议上促成双方达成排除非法证据的共识；如果双方意见不一致，由于庭前程序本质上是一个沟通协商程序，不能独立下判，所以，那就要在法庭审判过程中通过法庭调查决定是否排除。当然，在法庭审判过程中，控辩双方就全案或者部分证据提出排除申请的，法官既可以在法庭调查到某一个证据时进行，也可以待其他证据都调查完毕后再对非法证据进行审理，决定是否排除。
在办案过程中正确理解适用非法证据排除制度，需要把握好以下几个问题：
第一，关于“刑讯逼供”的理解。
