（二）上级检察院的职权意识导致在公诉机制运行中上下级检察院的领导关系存在冲突
由于宪法规定我国检察院是上下级领导体制，且在最高检察院的相关工作部署中加强了上级检察院对下级检察院的领导权能，但又未对下级检察院如何保障自己独立行使检察权作出相关规定，让上级检察院在领导下级检察院工作时，从思想上就未将检察权的独立行使与领导权严格分清或是不愿意分清，职权意识较为严重，一些上级检察院的领导和检察人员在处理与下级检察院的关系中常以口头命令、摊派工作等的方式布置工作，且上传下达最高检察院关于具体工作的指示中容易冠以行政命令，将本该自己职责范围内工作交由下级检察院处理，尤其是在公诉机制运行中，这种现象尤为突出，上级检察院公诉部门在司法实践中在向下级检察院公诉部门发出指令并监督和纠正下级检察院公诉工作的过程中带有浓厚的行政色彩，超越领导权、违法违规利用领导权向下级检察院公诉部门动辄摊派“政治”任务，下级检察院公诉部门由于没有任何法律上的理由加之行政上的领导关系“不敢”拒绝上级检察院交办的公诉工作，导致了下级检察院特别是基层检察院公诉部门对上级检察院公诉部门滥用领导权的“敢怒不敢言”的工作状况，一定程度上影响了基层检察院公诉部门正常的公诉工作，额外加大了该公诉部门的工作量。
（三）上级检察院公诉部门的不科学合理的考评制度是影响下级检察院相对独立行使公诉权的重要因素
为加强上级检察院公诉部门对其管辖的多个下级检察院的公诉工作质量监督力度以及考核下级检察院公诉工作的全面情况，在检察实务工作中，上级检察院公诉部门每年对下级检察院公诉部门进行工作考评制度。具体做法是上级检察院公诉部门按照全年公诉工作情况而制定，年初将本年度公诉工作任务安排到各个下级检察院公诉部门，年终由各个下级检察院公诉部门在总结全年公诉工作后，按照上级检察院公诉部门安排的工作任务提出自评意见，并报送上级检察院公诉部门，上级检察院公诉部门综合各检察院公诉部门自评情况，进行评比打分，最终对各个下级检察院公诉部门全年的工作成绩排列名次，对排名前列的下级检察院公诉部门进行表彰并让其他下级检察院公诉部门向其学习先进工作经验，笔者认为，上级检察院公诉部门的考评制度从客观讲是有利于促进上下级检察院公诉工作的完善，更有利于下级检察院公诉部门向各同级部门相互学习借鉴优秀的工作经验，提高公诉工作水平。
上级检察院公诉部门本应就公诉业务水平、公诉案件质量为重点考评内容对下级检察院公诉部门进行考评，但是近些年来上级检察院公诉部门下发的考评内容出现过于量化公诉案件办理指标（如不起诉率、抗诉率等）、增加调研、信息材料的采用率以及上级公诉部门交办工作事项的完成情况，使得公诉部门的考评内容不科学合理，但由于下级检察院非常重视上级检察院对本院各个部门工作考评名次，并将上级检察院的考评名次纳入本院各部门的考评成绩，这就使得下级检察院公诉部门被上级检察院公诉部门的考核目标和任务“牵着鼻子走”，不论上级检察院公诉部门的考评指标是否客观、公正、合理，也会经常出现下级检察院公诉部门为了年终考评拿到较好的名次而无条件地接受上级检察院公诉部门布置的甚至与公诉工作无关的任何工作，不仅加大了下级检察院公诉部门工作量及工作范围，从某种程度上也“纵容”了上级检察院公诉部门利用考评制度无限度的向下级检察院公诉部门行使领导权，影响了下级检察院公诉部门合理行使公诉权的行为。
