立法机关显然也认识到了上述问题的重要性，进而在刑事诉讼法修正案中明确规定了刑事案件的证明责任并对证明标准作出调整。修正案草案第13条规定：“公诉案件中被告人有罪的举证责任由公诉机关承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担。”同时第16条规定：“证据确实、充分，应当符合以下条件：（一）定罪量刑的事实都有证据证明；（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。”通过立法明确控方证明责任和增设主观证明标准，无疑有助于从根本上解决司法实践中困扰法院的案件质量问题。
1．明确刑事诉讼证明对象的重要性
之所以首先探讨刑事诉讼的证明对象，是因为明确证明对象是探讨证明责任和证明标准的基础。修正案草案第13条在明确公诉案件控方证明责任的同时，也一并提出了刑事诉讼的证明对象，即（就公诉案件而言）“公诉案件中被告人有罪”的事实。刑事追诉的直接目的在于确认被告人是否实施了特定的犯罪行为，从证据法的观点来讲，刑事诉讼中的主要证明事项就是犯罪构成要件事实。[39]无论定罪与量刑程序是否独立，定罪为量刑的前提。单纯的量刑事实与犯罪构成事实有着质的区别。就定罪而言，其证明对象就是“指控的犯罪事实”，即犯罪构成要件事实。《办理死刑案件证据规定》规定对定罪事实和从重处罚的量刑事实必须达到“确实、充分”的证明标准，司法解释可进一步明确刑事诉讼的证明对象，进而为我国刑事诉讼法作出有益的补充。
2．明确控方证明责任的必要性及意义
在探讨证明责任问题之前，应当认识到，诉讼证明是与法庭审判密切联系的概念，严格意义上的证明只存在于审判阶段。因为在现代诉讼制度下，只有审判阶段才能最终解决被告人的刑事责任问题。修正案草案第13条虽未直接使用“证明责任”这一术语，而是使用了“举证责任”一词，但笔者认为，此处所谓的举证责任，应当既包括“提供证据责任”（或称主观证明责任），也包括“说服责任”（或称客观证明责任）。由于修正案明确规定公诉案件被告人有罪的举证责任由人民检察院承担，因此，根据这个证明责任分配标准，我国刑事诉讼中的犯罪构成事实（即刑事诉讼的证明对象）的证明责任是完全置于控方的，被告人并不承担证明责任。具体言之，控方既负有提出证据证明犯罪构成事实的责任，也负有说服法官的责任。如果指控的犯罪构成事实真伪不明，法官不能产生被告人有罪的内心确信，控方将承担不依其主张的犯罪构成事实裁判（即指控的犯罪不成立）的负担，面临诉讼上的不利后果（即败诉）。
在立法上明确控方承担公诉案件的证明责任，具有重要的理论和实践意义。一方面，在理论和观念上，可以改变传统上那种认为公诉机关和审判机关都承担证明责任的不当认识。需要指出的是，在大陆法系，“由于法官负有发现事实真相的义务，因此裁判责任甚重，对证据调查介入很深……法官与当事人共担责任更加普遍。”[40]但在我国，虽然法官也关注发现事实真相，在庭审过程中对证据有疑问时可以对证据进行调查核实，但法官并不承担证明责任，换言之，对于控辩双方而言，法官仍然需要保持“中立的裁判者”的角色。另一方面，在实践中，可以将法院从沉重的案件质量负担中解脱出来，促使公诉机关认真、严格依法履行公诉职责，切实承担起确保案件质量的法律责任。此外需要强调指出的是，修正案草案原本在明确控方证明责任的同时，还规定“但是，法律另有规定的除外”，但草案二稿删除了上述但书规定。这就意味着，公诉案件的证明责任完全且无例外地属于控方，被告人并不承担任何证明责任。此前有学者主张巨额财产来源不明罪和持有型犯罪实行举证责任倒置，这是对证明责任理论的误读，[41]草案二稿的规定有助于澄清上述不当的认识。笔者认为，修正案草案二稿有关证明责任专属控方的规定，有助于真正贯彻无罪推定原则，避免错误地让被告方承担证明自己无罪的责任，因此具有重要的人权保障功能。[42]
根据修正案对证明责任的规定，对于案件中存在的需要补查的定罪证据问题，就需要由检察机关负责进行补查，这将改变此前由法院督促检察机关甚至侦查机关开展补查工作的被动局面。同时，在现有的司法体制下，由检察机关负责补查，有助于督促侦查机关开展补查工作，更能确保补查工作及时、顺利开展。如果补查工作未能解决案件定罪证据存在的问题，进而导致案件事实存疑，未能达到法律规定的证明标准，法院就应当依据证明责任规则和无罪推定原则的要求，依法作出无罪判决。
3.增设主观证明标准的意义
刑事诉讼的证明标准是近年来理论界和实务界高度关注的一个问题。有学者认为，既然案件事实作为可比对的参照物已经消失，那么，“作为一种确定的、统一的、具有可操作性的证明标准的建构只能是乌托邦”。[43]不过，无论从实体公正还是从人权保障的角度，证明标准都具有其存在的必要性。根据证据裁判原则和无罪推定原则的要求，控方对犯罪事实的证明必须达到法定的证明标准，法官也必须严把证明标准这条底线，对经审理后发现（犯罪）事实不清、证据不足的，就只能判决被告人无罪。这表明证明标准除了有助于确保正确认定事实之外，还能够保障被告人的合法权利，尤其能够避免冤枉无辜。
由于我国法律所规定的“案件事实清楚，证据确实、充分”比较抽象，为了便于实务部门操作，《办理死刑案件证据规定》第5条第1款对“证据确实、充分”作出了解释，具体是指：“（一）定罪量刑的事实都有证据证明；（二）每一个定案的证据均已经法定程序查证属实；（三）证据与证据之间、证据与案件事实之间不存在矛盾或者矛盾得以合理排除；（四）共同犯罪案件中，被告人的地位、作用均已查清；（五）根据证据认定案件事实的过程符合逻辑和经验规则，由证据得出的结论为唯一结论。”有学者指出，“这是‘结论唯一’首次出现在司法解释文件之中。将定罪最高证明标准确定为‘结论唯一’是合理的，不仅可能达到而且有必要达到。”[44]与此同时，一些地方司法部门也在证明标准制度方面进行了突破，规定了‘案件事实清楚，证据确实充分，排除（一切）合理怀疑’的证明标准，“但该标准并未体现在判决书中，而是以潜规则的形式运行。”[45]
立法机关适时呼应了理论界和实务界的讨论，在修正案草案第16条对“证据确实、充分”作出具体规定。
