在适用非法证据排除规则时，有两个问题需要引起重视。
一是要正确理解“采用刑讯逼供等非法方法”中“等”的含义。“等”是指与刑讯逼供相当的方法，不宜作出扩大解释为包括“威胁、引诱、欺骗”。在实践中，对“等”的具体理解可参照《最高人民检察院关于渎职侵权犯罪案件立案标准的规定》关于刑讯逼供立案标准的规定中对非法方法进行的列举，如以较长时间冻、饿、晒、烤等手段逼取口供的，应当予以排除。两个《证据规定》和修正案强调对采用刑讯逼供等非法方法获取证据的排除，并非意味着“威胁、引诱、欺骗”的取证方法就是合法的。修正案草案二稿维持现行刑事诉讼法第43条“严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法的方法收集证据”的规定是适当的。有学者认为我国非法证据排除规则未能强调“任意性”标准，而是规定了“合法性”标准，对“威胁、引诱、欺骗”等方法获得的口供、“毒树之果”以及严重违反犯罪嫌疑人、被告人辩护权而获得的口供是否应予排除语焉不详，[36]其实此规则的建立乃“急用先立”，体现了对实践中刑讯逼供等非法取证问题亟待解决的回应。[37]笔者认为立法对非法证据排除规则的规定采取现实主义态度，先排除以刑讯逼供等非法方法侵犯被告人基本人权和尊严获得的口供从而解决被告人的尊严问题，留待今后解决被告人的自愿性问题即排除以“威胁、引诱、欺骗”等非法方法违背被告人自由意志获得的口供，是可取的。
二是要正确认识确立证明责任和证明标准等问题的重大意义，推动讯问过程录音录像等相关保障性制度的设立。修正案草案第57条在规定人民检察院应当对证据收集的合法性加以证明的同时，又规定对于确认或者不能排除存在以非法方法收集证据情形的，对有关证据应当予以排除。从为了实现防止事实误认的基本目的这一角度进行分析，必然也会得出对口供合法性的证明应当由控诉方承担证明责任且需达到排除非法取证可能性的程度的结论。[38]不能因为目前司法实践中控诉方对口供合法性的证明存在一定的困难而降低证明标准。恰恰相反，明确非法言词证据排除规则中控诉方的证明责任和很高的证明标准，不仅能促使过于依赖口供的侦查观念和侦查方式发生转变，还能推动诸如修正案草案第121条所规定的讯问过程录音录像等配套制度的建立，从而真正遏制刑讯逼供，防止冤错案件的发生。
四、明确控方证明责任，增设主观证明标准
1996年刑事诉讼法修改，为避免诉讼在审判阶段倒流，促使法院对案件作出终局性的裁断，取消了退补制度。上述改革无疑具有积极意义，但同时也将确保案件质量的压力集中到了法院。在当前案件总体质量不高的情况下，面对实践中大量案件存在质量隐患这一棘手的问题，法院本身难以有效解决，因此，迫切需要在现有的制度框架和司法环境下，通过证据制度改革寻求问题解决之道。
（一）取消退补制度带来的影响
取消退补制度主要带来以下影响。
一是审判阶段的补查近乎常态。
从事实认定的角度，侦查是审判的基础。现阶段，我国侦查机关调查取证的总体能力和水平仍然不高，加之检察机关审查起诉工作未能充分发挥把关的作用，导致一些案件“带病提交”给审判机关。在取消退补制度后，这些案件质量存在隐患的案件就“搁置”在法院手中，在现有的司法环境下，基于对裁判法律效果和社会效果的考虑，法院对定罪证据存在问题的案件，很难直接作出无罪判决。对于案件中一些影响定罪（量刑）的证据问题，法院除了商请检察院撤诉之外，通常只能通过程序外的协商机制建议人民检察院补充侦查。实践中许多案件都需要进行不同程度的补查，大量的补查工作严重影响了审判质量和效率，且导致一些被告人因此被长期羁押候审。
二是司法错误的风险有增无减。
认定案件事实，必须以证据为根据。在审判阶段的补查近乎常态的情况下，能否准确认定案件事实，实际上就取决于补查工作的成效。但实践中，一些侦查机关怠于开展补查工作，经常敷衍了事，有时甚至拒绝进行补查。法院在补查工作无实际成效的情况下，就只能依据现有的证据材料对案件作出裁判。在定罪证据存在问题时，由于难以直接作出无罪判决，面临“定放两难”境地的法院通常不得不选择“疑罪从轻”降格处理，增加了司法错误的风险。司法实践中出现的诸多刑事错案都是上述做法的产物。
（二）问题的解决思路
1996年刑事诉讼法修改取消退补制度，避免诉讼在审判阶段程序倒流，符合诉讼规律的要求，因此尽管面临上述问题，也不能走回头路。比较职权主义诉讼模式国家的制度设计，不难发现，根据诉讼证明的特点和规律，明确刑事案件的证明责任和证明标准，是避免公诉机关怠于履行公诉职责，提高公诉质量（主要指证据质量），确保法院依法裁判案件的重要制度保障。
反观我国的制度设计，1996年刑事诉讼法第43条规定：“审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。”该规定使得审判人员、检察人员和侦查人员都肩负起收集证据的法定职责，未能确立原本行之有效的证明责任机制。同时，1996年刑事诉讼法确立的“案件事实清楚，证据确实、充分”的证明标准，也较为抽象，不便于实务部门具体操作，影响了证明标准在决定现有证据能否定罪方面的应有功能。可见，1996年刑事诉讼法有关刑事案件的证明责任和证明标准方面缺乏应有的规定，这是导致审判环节案件证据问题较多和法院难以依法作出裁判的重要原因。
