(4)关于原告提出被告在行政行为中没有认定的与被诉具体行政行为合法性有关的事实，举证责任如何确定不明确。如：被告实施的法律禁止的行为（应当回避而未回避，一个人取证等）、滥用职权问题。
(5)关于原告对行政赔偿案件受侵害造成的损失负举证责任是明确的，但当被告的行为妨碍了原告的举证、原告无法举证、被告不举证、法院又无法鉴定时如何处理。如：国有集体土地上房屋被行政机关违法拆除的情况下房子及物品的损失。
2.第三人的举证责任
第三人在诉讼中可提出与自己权利有关的主张，但其提供的证据能证明其主张成立时怎么办，现行证据制度没有明确规定。实践中，在被告不履行或者怠于履行职责的情况下，法院迳行认定被告没有举证，进而撤销原具体行政行为，对第二人合法权益非但未予保护反而造成损害。尤其是对授益性行为中的第三人，举证责任的地位应当予以明确。
3.行政程序性事实的举证责任
行政程序性事实应当由谁承担举证责任，这也是一个有争议的问题。我国并没有统一的行政程序法典，有关行政程序性事实举证的规定散见于各个单行的行政法规中，但这些单行的行政法规对于行政程序性事实的举证责任分担并不统一、明确。对于程序性的待证事实，有的认为应当适用“谁主张，谁举证”的基本举证原则。有的认为应当由行政机关承担行政程序性事实的举证责任。在实践中，对于行政程序性事实，原告有时是应当也是必须承担举证责任的，如：原告是否有精神病、其年龄记载是否有误，应由原告举证。再有，我国行政处罚法规定，对于一些严厉行政处罚，当事人有要求听证的权利，当事人要求听证的，应当在行政机关告知后3日内提出，对当事人提出听证要求的事实，不应当由行政机关承担举证责任，而应当由当事人承担举证责任。
4.被告的举证期限
(1)行政诉讼证据制度规定被告收到起诉状副本之日起10日内提供证据，同时规定了正当事由的延期提供。但是，对于被告认为原告起诉不符合起诉条件或提出管辖异议的，对具体行政行为合法性的举证可否超过10日举证期限问题存在争议。
(2)对于被告在收到起诉状10日内没有提交的证据，在10日后又提交了，且该证据对证明被诉行为合法性非常关键，一律不予采纳是否科学，对此，法院应如何采信，在实践中意见不统一。
5.原告的举证期限
原告提供证据时间在开庭审理前或人民法院指定的交换证据交换日不科学。如：关于起诉条件的证据；关于证明被诉具体行政行为的违法的证据；关于一并提起行政赔偿诉讼的案件，损害事实的证据的提供时间；关于程序性事实；关于被告认为原告起诉不符合法定起诉条件的提供证据的期限等都应当区分情况设定期限。
