第二，行政诉讼对行政权力的行使方式缺乏针对性。监督行政机关依法行政是行政诉讼法的另一重要立法目的，但在制度设计上缺乏对行政权力行使方式的针对性，使得监督常常不能落到实处，其突出表现有二。一是监督的范围有限。行政诉讼以撤销诉讼为绝对中心，诉讼标的仅限于具体行政行为，对具体行政行为之外的其他行政执法活动方式很少涉及，在行政诉讼法中找不到针对事实行为、行政合同的条款；而在具体行政行为当中，以不利处分为中心，针对有利处分的条款少之又少。二是监督的程度有限。虽然行政不作为被列入受案范围并在判决方式上有所体现，但受制于合法性原则，在很多案件中法院只是从相反的方面指出行政不作为的存在并笼统地判决行政机关履行法定职责‘，而不是从正面指出行政机关是否负有特定内容的职责，比如判决行政机关给申请人颁发许可，按照承诺作出特定的给付等等。
第三，行政诉讼的审判方式缺乏科学性。一是过分强调合法性审查，造成纠纷解决功能的弱化。二是在立法目的中关于维护行政机关依法行政的表述不符合法院的中立地位。三是维持判决就象人的“阑尾”。行政行为本身就具有公定力，只要不被依法撤销，就应认为有效，所以，规定维持判决实际上就是画蛇添足的多余之举。不仅如此，有时维持判决可能造成司法与行政的不协调。比如，对房屋登记行为的合法性审查并不能保证发现所有的问题，所以法院判决维持之后，一旦登记真的存在问题，就会给登记机构的更正登记造成不必要的障碍。四是非诉执行制度背离设计初衷。行政行为作出后，相对人既不履行也不起诉时，应当申请法院强制执行。《行政诉讼法》第66条作出这样的规定，本意并非是要法院帮助行政机关去实施行政行为，重点还在于起到一定的监督作用，避免存在重大明显违法的行政行为损害相对人权利。但由于缺乏配套的正当程序和可操作的标准，法院的角色更多的是帮忙，而非监督，蜕变为政府的执行机构。
第四，行政诉讼解决纠纷无法做到实质性。上述3个方面的问题最终带来的结果就是行政纠纷无法得到实质性解决，其突出表现如下。一是被告败诉在很多情况下并不意味着原告胜诉。在有些案件中，为原告设定负担的被诉具体行政行为被撤销，原告同时就获得了救济。但是在很多案件中，被诉具体行政行为撤销并非原告起诉的主要目的，它的目的可能是要求行政机关作出一个对自己有利的行政行为。而撤销一个行政行为并不等于当事人就有权得到想要的行政行为。由于判决撤销的同时责令行政机关重新作出具体行政行为，在法律上并非一个强制性要求，所以，在不少案件中，法院一撤了之，却没有解决真正的争议。即便判决重作，在处理程度上也存在很大的裁量空间，针对当事人提出的请求作出具体判决固然法律并不禁止，但只是概括判决要求行政机关重新处理亦为法律所允许，致使具体判决非常罕见，纠纷又被踢回到行政程序当中。在行政不作为案件中也有同样的问题，致使原告受到的损害无法通过诉讼得到弥补，其权利主张也无法通过诉讼得以实现。这也就是为什么有些学者说行政诉讼是“半截子工程”、“锯箭疗法”的原因所在。二是司法救济滞后。很多情况下，具体行政行为一旦作出，就造成了既成事实，要么涉及重大公共利益，要么有善意第三人，基于利益衡量的考虑，法院无法判决撤销，当事人注定无法通过撤销之诉获得救济。
