如果单纯是因登记申请人或者登记机构一方的原因导致登记错误，并造成损害的，自应由该责任方单独承担责任，学理和实务操作上对此并无什么争议。在此情况下，对登记机构的索赔无论是依民事诉讼程序主张抑或按行政诉讼程序进行，似乎均无不可，不会发生太大的问题(尽管该两类诉讼在诉讼程序、举证责任、抗辩事由、赔偿范围等方面有异)。但如果涉及登记申请人和登记机构的双方过错导致登记错误并造成损害，依法理和法律规定应共同承担赔偿责任乃至应承担连带赔偿责任的情况下，诉讼程序应如何选择和运行、其二者的责任应如何承担，则成为颇为棘手的问题。
根据学界的主张和实务界的不同认识，大致可将《物权法》第21条规定中构成混合侵权(申请人提供虚假材料申请登记、登记机构疏于审查而导致错误登记)的情形，分为四种解决方案:
其一，受害人可以且只能分别依民事诉讼程序起诉登记申请人、依行政诉讼程序起诉登记机构，法院亦相应地只能分别就其责任作出判决。[20]
其二，受害人起诉登记机构要求赔偿并请求一并解决涉及登记申请人的民事赔偿问题时，法院在审理行政赔偿诉讼案件时可以合并审理(将其作为共同被告或者第三人)、一并解决。这种行政附带民事诉讼或者合并审理的模式，为行政法学界和实务界的诸多同志所主张。[21]
其三，受害人只能选择登记申请人或者登记机构中的一方起诉，但不能对二者一并起诉(因其二者构成“不真正连带责任”)。[22]至于选择登记机构要求赔偿时，其责任性质及诉讼程序如何，则另有不同主张。
其四，受害人可以一并依民事诉讼程序起诉登记申请人和登记机构，要求其共同承担民事赔偿责任(至于其二者的责任形态如何，另做讨论)。
对于登记申请人与登记机构工作人员恶意串通进行违法登记而给他人造成损害的情况，无论是在行政法学界还是在民法学界，都形成有“构成共同侵权，应承担连带赔偿责任”的共识。但二者的责任性质和诉讼程序等问题如何解决，仍有争议。此种情况由于构成共同侵权和连带责任，故就可能的诉讼解决方案而言，惟有上述第二、第四种一并审理的方案可供选择。
(二)不动产登记机构的赔偿责任性质界定之不同所带来的效果差异
上述几种方案，最大的分歧在于，对不动产登记机构错误登记赔偿责任的定性不同。如果将这种责任性质界定为国家赔偿责任或行政赔偿责任，则解决此类纠纷所应适用的法律为《国家赔偿法》、《行政诉讼法》及相关司法解释;而如果将其定性为民事赔偿责任，则应适用《物权法》、《侵权责任法》和《民事诉讼法》及相关司法解释。由此，带来程序和实体方面的诸多差异:
第一，有无先行处理的前置程序不同。当事人请求行政赔偿的，应当先向赔偿义务机关提出申请，赔偿义务机关应自收到申请之日起两个月内作出决定;逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，可自期间届满之日起三个月内向人民法院提起诉讼。而受害人提起民事赔偿诉讼，无此“先行处理”程序。
第二，诉讼时效期间规定不同。在行政赔偿诉讼中，赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自国家机关及其工作人员行使职权时的行为被依法确认为违法之日起计算;而在民事赔偿诉讼中，受害人请求赔偿的时效期间为知道或者应当知道权利被侵害之日起两年。
第三，归责原则不同。关于国家赔偿法规定的行政赔偿的归责原则，通说认为采纳的是“违法责任原则”;而关于登记机构错误登记的民事赔偿责任的归责原则，主流意见认为属无过错责任原则。
第四，举证责任不同。国家赔偿所适用的行政诉讼程序，由被告负举证责任;而在民事诉讼程序中，则由原告负举证责任。
