(2)证人书面证言可以作为证据采纳与证人出庭作证义务的冲突。修正后的《刑事诉讼法》第59条规定“证人证言必须在法庭上经过公诉人、被害人和被告人、辩护人双方讯问、质证，听取各方证人的证言并且经过查实以后，才能作为定案的根据。”同时《刑事诉讼法》第190条又规定“…，对未到庭的证人的证言笔录、鉴定人的鉴定结论、勘验笔录和其他作为证据的文书，应当当庭宣读。审判人员应当听取公诉人、当事人和辩护人、诉讼代理人的意见。”第59条毫无例外地要求证人证言必须在法庭上接受控辩双方的讯问、质证并且查实后才能作为定案根据。言外之意，所有证人毫无例外都必须出庭作证。而第190条，却有不加区别地规定，未出庭的证人的证言笔录经当庭宣读，并听取控辩双方意见后，亦可作为证据使用。这种前后自相矛盾的规定造成的结果常常是无关紧要的案件证人被要求出庭作证，而案件的关键证人却往往由于各种原因不能出庭作证，证言笔录反倒成为作证的主要形式。虽然最高人民法院的司法解释对证人不出庭的情形作了限制性规定，但仍显宽泛，不够严密，弹性过大。这一立法上的冲突，被认为是导致我国当前刑事证人出庭率严重偏低的主因，已成为刑事审判方式改革进一步深化的法律瓶颈。
(3)“证人出庭作证义务”规则逻辑结构欠缺。法学基础理论告诉我们，一个完整的法律规则具有严密的逻辑结构。但对其逻辑机构的认识历来存在不同学说。主要有“三要素说”、“二要素说”和新“三要素说”三种观点。“三要素说”认为，每一法律规则通常由假定、处理和制裁三要素构成。“两要素说”认为，法律规则是由行为模式和法律后果两部分构成。而新“三要素说”则认为，任何法律规则均由假定条件、行为模式和法律后果三个部分构成。不论哪一种学说，都认为法律规则应当含有“法律后果”这一构成要素，当然法律后果在这里既包括否定性法律后果，如“制裁”，也包括肯定性法律后果，如“奖励”。义务规则作为法律规则的一个种类同样应当具备“法律后果”这一必备要素。然而刑事诉讼法第60条作为一种命令式的义务性规则，却只有假设和处理部分，而没有制裁部分(或者说只有行为模式部分，而没有法律后果部分)，证人违反了作证义务，司法机关却苦于找不到制裁的法律依据，致使证人作证义务形同虚设。
(4)证人保护缺乏具体制度措施。刑事诉讼法第61条规定：“人民法院、人民检察院和公安机关应当保障证人及其近亲属的安全。对证人及其近亲属进行威胁、侮辱、殴打或者打击报复，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不够刑事处罚的，依法给予治安管理处罚。”刑法第308条规定：“对证人进行打击报复的，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的处三年以上七年以下有期徒刑。””虽然上述条款为证人及其近亲属人身安全的保护提供了法律依据，但由于这些规则本身的高度原则性和概括性，加之缺乏相应配套的保护程序和措施，使得实践中对证人及其近亲属的保护出现了随意、省略、失控的现象。加之，这些条款规定的只是证人及其近亲属人身安全遭到威胁或现实侵害之后的补救措施，而对于证人及其近亲属人身安全的预防性保护，无论立法还是司法都缺乏相应规定，导致公、检、法三机关在对证人及其近亲属人身安全保护上相互推委、扯皮，证人安全得不到有力保障，证人遭报复现象屡屡发生，已严重影响到证人出庭作证的积极性，成为证人出庭作证率低下的重要原因之一。
