在职权方面，检察机关恢复重建以来的工作主要集中于对审判权的监督，对行政权的监督限于职务犯罪侦查。对审判权干涉过多和对行政权监督过少是“文革”后重置检察制度的主要弊端。随着法治的发展以及审判机关制约机制不断健全，审判权的危险性会越来越小，对审判权监督的必要性也会逐渐降低。从近10年最高人民法院工作报告中可以看出审结的检察机关依审判监督程序抗诉的案件以及法院改判的案件正在逐渐降低（见表1、表2）。
网球比赛中为防止裁判犯错，选手可以通过“鹰眼”审查裁判的判断是否正确，但只给予选手三次“挑战鹰眼”的机会，这么做既提高了比赛的效率，不会陷入对裁判反复的质疑中，也不影响裁判的权威性。伴随着法官素质的逐渐提高和制约机制的完善，尊重审判权威所带来的利益要远远大于个别案件的监督。在当前审判监督改革中，一是应当分清诉讼与监督，明确诉讼不是监督，检察机关的起诉与抗诉是履行公诉权，而不是监督权；二要分清程序监督与实体监督，按照中央关于司法改革的意见，通过立法建立检察机关调阅审判卷宗材料、调查审判违法行为、建议更换办案人、提出检察建议等程序，从而加强对审判活动（在程序上）的法律监督。[37]三要分清对审判的监督与对审判者的违法监督，“在具体制度设计上，则应当按照平等、双向制约的要求，更加尊重审判机关的实体裁判权，转而强化对审判人员严重违反法定程序、贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判等问题的监督。”[38]与此同时，要加强对行政权的有效监督。对于行政机关抽象行政行为的监督尚处于空白；对于具体行政行为的合法性与合理性监督还远没有满足社会的期望和应当具有的规范效力；当前中国还有一些行使行政职能的社会团体、事业单位和国有企业，这些都应成为法律监督权行使的范围。
在机构设置方面，1、根据公诉与监督的不同权力属性将其分开，成立专门的诉讼监督局。对于侦查阶段和诉讼阶段进行程序监督，将参与诉讼与监督诉讼的检察官区分开来，一定程度上避免了既做裁判又做运动员的弊端，符合权力分离与制约的基本设计原理，履行了宪法和法律赋予检察机关维护司法公正，对公安机关、审判机关行使程序监督的职能。这是保障审判独立的前提，也是检察系统逻辑自恰的基础。2、建立职务犯罪监督总局。反贪污贿赂局和渎职侵权检察局合并具体负责贪污贿赂犯罪、渎职犯罪和国家机关工作人员利用职务侵犯公民人身、民主权力犯罪等的侦查工作。职务犯罪监督总局可以考虑由常务副检察长兼任局长或其他方式提高其地位，以减小改革的阻力。3、建立行政法规审查局。专门负责对行政部门的抽象行政行为是否违法进行审查，通过层级上报，由最高人民检察院决定是否向全国人大常委会提出审查要求。4、把行政监督分离出来，成立一个专门对违法、失职等行政行为进行监督的部门。5、建立申诉局。主要负责处理对检察机关及其工作人员的投诉，及时提出解决方案并在适当的时候对解决办法向公众公开；做好检察制度自身漏洞分析，向上级检察机关适时汇报等工作。毕竟当事人最了解案件的情况，让这一部门充分发挥作用，有助于检察机关制约机制的完善。6、其他部门可根据实际情况进行构建。[39]按照性质改革内设机构，将有助于保证审判独立，并践行法治，实现对行政权更为有效的监督。
