虽然法院依照《行政诉讼法》第52条第1句进行的是“依法审判”，但有时法院判决维持或者确认的一个合法的被诉行政行为，却是基于一个与法律相抵触的行政法规作出的，这样的被诉行政行为在法律面前还有合法性吗？答案是不言自明的。但是，在《行政诉讼法》之下，法院只能作出这样的裁判，它甚至连将涉嫌与法律相抵触的行政法规提交到有权机关进行合法性审查的机会都没有，遑论自己行使对行政法规的合法性审查权。令人欣喜的是，《行政复议法》试图在宪法规定的框架性制度中部分地解决这个问题，将被申请复议的行政行为违法性“斩草除根”，尽管它未涉及行政法规。[18]这一制度性的突破，对法院在审理行政案件中如何妥当性地对待行政法规还是有启发意义的。
基于宪法规定的框架性制度，法院在审理行政案件中遇到法律、地方性法规（限于地方各级人民法院）时，它们与行政机关一样都是立法机关的“执法”机关，所以，把法律、地方性法规作为它裁判的“依据”并无不当；但是声称行政法规（包括行政规章、行政规定）也是法院裁判的“依据”，可能就不太妥当了，毋宁说是法院“审判对象”。从《行政诉讼法》第1条的规定中导出“审判对象”之结论，其实也并不困难。但是，《行政诉讼法》的其他法律条文并没有以此“结论”作为展开前提，仍然要求法院“臣服”于行政法规。或许，这也可以拿来解释《行政诉讼法》为什么没有给国务院保留一个“被告席”吧？!
（二）《立法法》中的“行政法规”
《立法法》并不仅仅是规范“立法行为”之法，它还兼及法的适用。依照《宪法》和《立法法》的规定，国家的立法体制可以表述为“一元多层次”。“一元”即国家立法权属于全国人大及其常委会，“多层次”即宪法之下人大与政府、中央与地方各有制定法律、法规和规章的权力。在“一元多层次”的立法体制中，消除法规范之间的冲突，确保法体系的内在统一，是《立法法》的基本任务之一。行政法规上承法律，下启行政规章、行政规定，在国家法律体系中有着十分重要的地位。《立法法》第79条规定：“法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章；行政法规的效力高于地方性法规、规章。”它确立了行政法规在国家法律体系中的效力地位。《立法法》通过第78条、第79条和第80条等规定，在制定法上明确规定了一个如同金字塔般的法位阶的结构体系，以“上位法优于下位法”之适用规则确保国家法律体系内在的统一性。[19]法的位阶的功能在于法之间如有“相抵触”，则应当适用上位法。在实务中，这一适用规则已经获得法院的广泛运用。如在杨椿不服南京市公安局交通管理局第二大队行政处罚案中，法院认为：
