(三)加强与纪检、执法等部门的配合，创新协作机制
根据我国现行制度，检察机关是反腐败系统工程中的一个职能部门，应理顺现有反腐败领导机制下与执纪执法部门的工作关系，为职务犯罪侦查创造良好的执法环境，形成合力。
1、加强检察机关与纪委的侦查协作。我们应掌握一个原则即依法独立行使检察权，新的《律师法》出台，职务犯罪工作面临新的挑战，侦查部门不能依赖纪委“两规”手段办案，不能被动地接受纪委破了的案件，否则我们的侦查工作就会出现倒退和萎缩。如何处理好与纪委的关系，充分发挥各自的优势，利他人之长克己之短；也是我们应该重视的问题，协作的好坏对检察机关的侦查工作有很大影响。
2、加强检察机关与执法部门的侦查协作。在行政执法与刑事执法衔接机制的基础上，建立行政执法涉嫌职务犯罪线索移送检察机关的工作机制，依托加强“惩防体系”建设的大环境，积极探索建立行政执法部门执法资料向检察机关移送备案制度，实现对行政执法部门的执法信息“网络连接、信息共享”的目标，拓宽检察机关获取行政执法领域职务犯罪信息的渠道。
3、加强检察机关与银行、通讯、工商等部门的侦查协作。随着科学技术的发展，职务犯罪侦查的难度空前加大，如何提高侦查效率，快速突破是面临一个重要问题，加强与银行、通讯等部门的侦查协作，提高效率值得关注。因为检察机关查办大多案件需要查询银行账户、个人信息资料、产权、工商税收情况，如何协调好，做到资源共享，在第一时间获取尤为关键，虽然我们在查询方面得到了有关部门的密切配合和协作，但行业为保护自身利益，总是设置障各种障碍，凌驾于刑事诉讼法之上，给检察机关自侦工作带来很大的麻烦。
(四)加强侦查能力建设，从整合侦查资源，提高侦查效能，确保案件质量等环节，加强侦查机制的探索
1、加强侦查一体化机制建设。经过近几年来的一些地方的试验，建立以市分院侦查指挥中心为主，以市、县区院办案单位为基础的侦查组织指挥协调一体化的工作格局，收到明显的效果，为切实加大办案力度，提高办案效率和质量提供了有力的组织保障。主要做法是：统一工作机制、统一经营线索、统一组织指挥、统一整合资源、统一营造环境。[5]
