1998年，湖南省检察院率先将全省的法纪检察部门改称为“渎职犯罪侦查局”，之后，吉林、湖北、山东、江苏等省相继仿效。
2000年7月中旬，最高人民检察院将审查批捕厅、审查起诉厅、法纪检察厅分别变更为侦查监督厅、公诉厅和渎职侵权检察厅，并新设立职务犯罪预防厅。
2002年1月1日，重庆市人民检察院将反贪污贿赂工作局及法纪检察处合并成立了重庆市人民检察院职务犯罪侦查局，这是全国省级检察院中第一个统一办理贪污贿赂和渎职侵权案件的专门机构，但此举并未在全国得到推广。
1998年1月19日起，商业贿赂、侵占、挪用资金等经济案件以及非国家机关工作人员的渎职犯罪案件划归公安机关管辖。
二、我国检察机关侦查权配置特点
我国现行职务犯罪侦查体制是在借鉴解放前革命根据地侦查体制和前苏联的司法经验的基础上建立起来的。因而我国职务犯罪侦查体制从传统上来看受大陆法系影响较大，同时又具有许多反映我国特定的司法历程和社会主义法系特色的制度设置，主要有以下几个特点：
(一)从侦查权在刑事程序中控辩双方之分配格局来看，我国现行的职务犯罪侦查体制是介于单轨制和双轨制之间的混合式
一方面我国法律严格规定，侦查权只能由法定的国家机关行使，任何个人无权进行刑事侦查，因而我国的侦查体制具有单轨制的主要特征。但另一方面，法律又赋予了辩护律师以一定的调查取证权(虽然只是在审查起诉阶段)，因而我国的侦查体制又具有双轨制侦查体制的某些特色，应该说，这种混合制侦查体制是同我国作为一个传统上的职权主义国家适当借鉴当事人主义合理因素这一发展趋势相符的。
(二)从职务犯罪侦查机关隶属来看，我国的职务犯罪侦查体制具有混合式特征
我国是单一制国家，虽然根据我国宪法和人民检察院组织法的规定，我国的职务犯罪侦查的主体机关——检察机关在领导体制是上级领导下级，因而我国的职务侦查体制具有集中式特征，但我国各级人民检察院在组织人事上均受同级党委领导，在编制经费上都由同级政府划拨，现实中上下级检察机关只能看成指导与被指导的关系，而且上下级检察机关的侦查部门之间只是部门之间，不是领导与被领导的关系，从这个角度来看，我国职务犯罪侦查体制又具有分散式的特征。
