1988年10月起，挪用公款案、巨额财产来源不明案、隐瞒不报境外存款案由人民检察院立案侦查。
1988年起，体罚虐待人犯案及私放罪犯案由检察机关的法纪检察部门移交监所检察部门管辖。
自1989年8月起，各地检察机关在原先经济检察部门的基础上相继组建了集受理举报、侦查、预防于一身的反贪污贿赂工作局(简称“反贪局”)， 1995年11月最高人民检察院成立了反贪污贿赂总局。
1990年1月1日起，检察机关管辖的重婚案件由检察机关的法纪检察部门移交控告申诉检察部门管辖。
1994年3月起，检察机关对下列法人犯罪案件直接立案侦查：(1)受贿案、行贿案；偷税案；骗取国家出口退税款案；妨碍追缴欠税案；假冒注册商标案；销售假冒注册商标的商品案；伪造、擅自制造他人注册商标标识案；销售伪造、擅自制造的商标标识案；为组织他人偷越国(边)境骗取出境证件案等案件。(2)检察机关查办国家工作人员职务犯罪案件牵连出的其他法人犯罪案件。(3)已经构成犯罪，依法应当追究刑事责任而没有追究，或者有关部门作了其他处理的其他法人犯罪案件(如法人走私犯罪案件)。
1996年3月修订的现行《刑事诉讼法》规定：“贪污贿赂犯罪，国家工作人员渎职犯罪，国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪，由人民检察院立案侦查。”
因此，1997年1月1 日起，检察机关自侦案件的管辖范围大大收缩，偷税、抗税案；假冒商标案；重大责任事故案；诬告陷害案；破坏选举案；非法侵入他人住宅案案；非法剥夺宗教信仰自由和侵犯少数民族风俗习惯案案；侵犯通信自由案；私自开拆、隐匿、毁弃邮件、电报案、重婚案以及不符合《刑事诉讼法》管辖规定的法人犯罪案件等不再属检察机关管辖，现行《刑事诉讼法》还规定检察机关认为需要自己直接进行立案侦查的案件仅限于国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，而且须经省级以上人民检察院决定，才可以由人民检察院立案侦查。
1998年5月，最高人民检察院出台了《关于人民检察院直接受理立案侦查案件范围的规定》，进一步细化了人民检察院直接受理侦查案件的范围。
