(二)完善制度，堵塞漏洞
要规范乡镇卫生院的操作行为，本着具体、系统和便于操作的原则，针对容易产生不正之风的重点岗位，关键环节，建立和完善一套防范以权谋私的规章制度，把权力真正置于制度的约束之下。严格规范各乡镇卫生院的工作流程，按医疗常规建立门诊、住院病人登记薄，住院病人要有病历本，新型农村合作医疗专项资金要确定专门人员、建立专门帐户和专门档案。要严格规范财经纪律，坚持收支两条线，做到日清月结。要加强对财务的管理和监督，制定科学的付款和记账方式。付款凭证除存根、记账外，要形成一联给报销农户，以备事后入户回访和农户提出异议；结合农户医疗补偿的实际，在补偿时及时进行电脑录入制表，与付款凭证形成对应，在出纳和主办交接时核对确认签字，在账务处理时可以以表代账，将付款凭证记账联作为附件。付款存根与农户看病凭证装订成册入档备查。
(三)完善监管体系，强化监督力度
全面实行医务公开，通过公布卫生院的经营状况，公布新型农村合作医疗保险金发放情况，增强透明度，主动接受广大人民群众的监督。基层政府和县(区)新型农村合作医疗服务中心要增强监督意识，落实监督措施，切实履行起监管职责。堵塞漏洞。同时，实行责任追究制，对因监管不力造成严重后果的单位和个人，要追究相应的责任，以增强监督管理的责任感，确保权力在阳光下运行，防止失职和权力滥用。同时要加大宣传力度，使广大农民真正认识到，新型农村合作医疗制度是党和国家提高农民健康水平的好政策，使广大农民真正感受到党和国家的亲切关怀，提高广大农民自觉参加新型农村合作医疗的积极性。公开宣传新型农村合作医疗的有关制度规定，提高广大农民认知度和知情权，让新型农村合作医疗保险制度置于广大人民群众的监督之下。同时，要加强对镇级合管办日常工作的监督。财政审计部门要加强对县、乡镇二级“合管办”资金拨付、使用的监督，对出现的问题和不规范问题提出整改，保证资金的安全，以防出现违规、违法现象。
(四)相关职能部门密切配合，加大查办案件力度
惩治职务犯罪，是一种非常有效的特殊预防措施，依法严惩腐败分子，做到罚当其罪、罪刑相符，能够起到对腐败分子本人的特别预防作用和对其他人的一般预防作用，只有惩治有力，才熊增强教育的说服力、制度的约束力和监督的威慑力。因此，有关职能部门要加强信息交流，互相联系、相互支持、相互配合，共同形成惩治和预防职务犯罪的强大合力：纪检监察机关要加大对违纪违规案件的查处力度，对构成犯罪的及时移送检察机关立案查处；财政审计部门要加大对新农合资金的监管审计力度，发现违法犯罪的及时移送有关部门查处；审判机关要加大对职务犯罪案件的判处力度；检察机关要进一步加大查办涉农职务犯罪案件力度，特别是涉案金额大、影响恶劣的案件，以及利用新农合资金实施犯罪的案件，集中力量优先查办、快办快结、严厉打击、决不手软。
