1、对内监督制约机制缺失，对承办部门的办理次数、办理期限、反馈标准、督办效力等没有具体规定。在实际操作性中，由于相关规定过于笼统，控申部门移交相关业务部门办理的案件经常出现该复查未复查、该纠正未纠正、该查处未查出，或办理不及时、不能按时办结等问题，致使控申部门不能及时答复信访人或者答复缺乏力度，导致信访人不满，化解息诉工作难度增加。
2、对外监督效力存在刚性不足的问题，缺乏具体、明确的监督程序，缺少制约被监督机关改正的机制，实践中实际操作起来难度很大。由于检察机关对这些问题的监督是事后监督，主要监督手段是检察建议或纠正通知，对公安机关、人民法院及其工作人员不予纠正的法律责任问题缺乏硬性规定，是否纠正、纠正幅度仍由公安机关、人民法院自行决定，将导致监督效果大打折扣，使控申部门难以答复信访人，处在两难的尴尬境地。
(三)对办案人员的工作水平和能力提出了更高的要求
新刑事诉讼法进一步加强了检察机关对侦查权、审判权和执行权的监督，尤其强调在强制措施、辩护制度、证据制度、侦查措施、执行程序等容易侵犯诉讼权利的关键点加强监督。这些事项对控申部门来说是新增的课题，此前很少接触，这就要求控申检察干警不仅要精通侦查监督、审判监督、执行监督等相关业务，还要熟悉诉讼法律、证据制度等方面的知识。
重新审判条件的细化和抗诉权的转移要求控申部门应当配备具有公诉经历、出庭经验的办案人员，并且新法赋予了控申部门可以在再审程序中对被告人采取强制措施的权利，这些都对控申检察干警的专业素质提出了更高的要求，如：对案件实体的审查能力，对程序的驾驭能力、出庭抗诉能力和量刑建议能力等。
三、关于做好新形势下控告申诉检察工作的对策思考
新刑事诉讼法是深化司法体制改革和工作机制改革的需要，是加快建设社会主义法制国家的要求，对着力化解社会矛盾，解决群众反映强烈、影响社会和谐稳定的突出问题具有重要意义。控告申诉检查部门是检察机关联系群众的桥梁和窗口，是贯彻新形势诉讼法的前沿哨所，为确保新刑事诉讼法的贯彻实施，应重点做好以下几个方面：
