(二)首次建立了对侦查阶段各种违法行为的投诉处理机制
新法第55条规定：人民检察院接到报案、控告、举报或者发现侦查人员以非法方法收集证据的，应当进行调查核实。对于确有以非法方法收集证据情形的，应当提出纠正意见；构成犯罪的，依法追究刑事责任。新法第115条：当事人和辩护人、诉讼代理人、利害关系人对于司法机关及其工作人员有下列行为之一的，有权向该机关申诉或者控告：采取强制措施法定期限届满，不予以释放、解除或者变更的；应当退还取保候审保证金不退还的；对与案件无关的财物采取查封、扣押、冻结措施的；应当解除查封、扣押、冻结不解除的；贪污、挪用、私分、调换、违反规定使用查封、扣押、冻结的财物的。受理申诉或者控告的机关应当及时处理。对处理不服的，可以向同级人民检察院申诉；人民检察院直接受理的案件，可以向上一级人民检察院申诉。人民检察院对申诉应当及时进行审查，情况属实的，通知有关机关予以纠正。此前这类投诉多由公安机关和法院处理，在实际操作中由于缺乏外部的监督机构，投诉难、执行难的现象大量存在，这次修改将会有力的解决这一难题，充分保障司法公正和刑事诉讼参与人的合法权利。
(三)首次将程序违法纳入再审程序，细化、补充了案件重新审判的条件
1996年刑诉法第204条规定的四种申请再审理由存在着很大不确定性，对于第(一)、(二)项规定有新的证据证明原判决、裁定认定的事实确有错误的，据以定罪量刑的证据不确实、不充分或者证明案件事实的主要证据之间存在矛盾的，相关司法解释没有对此作出规定。对于什么是“新的证据”，据以定罪量刑的证据不确定、不充分或者证明案件事实的主要证据之间存在矛盾如何理解等都没有规范，导致司法实践中操作困难、执行混乱。此外，这四种情形都仅仅将实体错误作为重新审理的范围，而将程序错误排除在外。为此，新法第242条细化、补充了第(一)、(二)项规定，明确规定如果有新的证据证明原判决、裁定认定的事实确有错误，达到“可能影响定罪量刑的”程度，“据以定罪量刑的证据不确实、不充分，依法应当予以排除或者证明案件事实的主要证据之间存在矛盾的”，人民法院就应当再审。这些修改规定既与新法第53条规定的“证据确实、充分”的定罪量刑证明标准的条件相协调，又与第54条至第58条规定的非法证据排除规则相配套，有利于司法实践理解和把握。同时，新法第242条还专门增加一项将程序违法作为法院应当重新审判的条件，即：“违反法律规定的诉讼程序，可能影响公正审判的”，这将有力的保障当事人诉讼权利的行使和程序公正的实现。
