（一）何谓公务与集体事务的争议
农村基层组织人员具有法律意义上的双重身份。在履行职责时公务与事务集于一身，相互交错，他们依照其职权履行的各种活动哪些属于从事公务，那些属于村集体事务，有时界限并不十分清楚，争议颇大。而造成这种争议的主要原因，还是在于立法的不明确。
虽然司法解释明确规定了应视为“公务”的七种情况，但基层工作素来被喻为“万根线穿过一支针”，所有的管理环节到最后最终都是落实到基层。因此，村基层组织工作在客观上存在着无可回避的复杂性。相应的，基层管理行为在性质、种类上也客观存在复杂性。而立法的有限性，决定了仅列举这七种情况，是绝对无法完全涵盖农村工作内容和理清这些工作性质的，因此才有了最后一条的“保底条款”。也正是由于最后一条的保底条款，使本来已经清楚的问题，又陷入说不清道不明的境地。因此，有的观点认为，农村基层组织人员系村民依法选举产生，协助政府从事行政管理、行使自治权办理本村自治事务，其范围和对象是本村的公共事务和公益事业，其利用的职权当然属于公共权力的范畴，其工作具有政府行政管理的性质。因此，其行为均应认定为从事公务，没有必要对行为性质作出区分而导致不必要的争议。有的观点则主张，还是应根据法律和《解释》的规定严格认定，凡利用协助人民政府从事《解释》所规定的七种行政管理工作，方可认定为依法从事公务。
（二）定性和管辖权的争议
如前所述，由于村基层组织成员利用职务之便非法侵占、挪用财物职务犯罪行为，在不同情况下，会出现定性不同的情况。在司法实践中，对村基层组织成员职务犯罪定性认识的不同，经常出现检察机关认定为贪污罪、挪用公款罪移送起诉，法院审判时则以职务侵占罪、挪用资金罪作出判决，或者以职务侵占、挪用资金起诉，被改判贪污、挪用公款，或者同类行为在甲地被判贪污、挪用公款，在乙地却被判职务侵占、挪用资金的情况。而且这类案件在被人民法院改变定性判决后，检察机关即便提起抗诉，也很难得到上级法院的支持。一方面极易造成司法不公、司法腐败，另一方面也容易造成司法资源的浪费。
此外，农村基层组织成员职务犯罪行为定性的争议，还直接涉及到案件管辖权的问题。由于职务侵占罪、挪用资金罪和贪污、挪用公款分属公安机关和人民检察院管辖。因此，这类案件在侦办过程中，由于定性争议，极易引起公检两家互相争夺案源或者互相推诿。特别是在批捕环节，极易造成检察机关两难局面。例如，在实践中曾经遇到这样的情况：公安机关以职务侵占罪移送检察机关批捕案件，检察机关认为应当以贪污罪批捕，但却出现两难选择：如果坚持原则以贪污批捕，则必须按照刑诉法规定将案件移送检察机关继续侦查；而如果要将案件交由公安机关继续侦查，则必须是违背原则，以职务侵占罪批捕。在现今办案机关绩效与办案数量、规模直接挂钩的管理体制下，检察机关无论那种选择，要么是得罪别人，要么是委屈自己。
