2006年9月，高检院制定下发《关于健全职务犯罪侦查工作一体化，机制的若干规定》以来，各地检察机关在查办渎职侵权犯罪案件中，大胆实践，勇于创新，积极探索建立以分州市院为“龙头”，县区院为基础的侦查渎职侵权犯罪案件运行制度，特别是各级检察院职务犯罪侦查指挥中心普遍建立、三级侦查人才库普遍形成，侦查保障水平逐步提高，侦查现代化、信息化不断发展，设备先进、功能齐全的远程指挥系统在实践中逐步运用，为深入推进渎职侵权犯罪侦查办案一体化提供了组织保障和必要的物质保障。但是，由于对建立侦查办案一体化机制的思想认识尚不统一，一些地方检察院落实侦查办案一体化机制的积极性、主动性不高，实践中还存在着“说起来重要，做起来不要”的现象；高检院至今没有制定全国统一的侦查办案一体化实施细则，各地的做法不尽相同。上级检察院指挥办案、异地交办案件与属地管辖、审判管辖的关系问题没有得到解决，如何发挥上下两级检察院的办案积极性问题亟待研究。今后一个时期，加强渎职侵权犯罪侦查办案一体化机制建设，一要进一步解决思想认识问题。把思想和行动统一到高检院的部署上来；二要制定实施侦查办案一体化的司法解释。明确上下级检察院在侦查办案一体化机制中的责任，特别是要与最高人民法院就异地交办侦查、指定侦查与审判管辖相衔接问题达成一致意见，实现无缝对接；三要解决发挥上级检察机关作用与调动基层检察院办案积极性的关系问题，尽量避免可能出现的基层检察院等靠上级检察院交办案件线索、被动服从上级检察院组织指挥办案问题；四要解决侦查办案一体化的组织保障和后勤装备、经费保障问题。按照谁牵头谁组织侦查力量，谁牵头谁负责后勤装备和经费保障的原则，落实侦查人员和侦查装备、侦查经费保障。
（四）实施专案调查
中共中央办公厅、国务院办公厅转发中央纪委等部门《关于加大惩治和预防渎职侵权违法犯罪工作力度的若干意见》指出：“根据案件性质和办案需要，可以组织由纪检监察机关、人民检察院和相关司法、行政执法机关共同参与的联合调查组。牵头单位统一组织协调，相关部门积极配合。”这是对渎职侵权犯罪案件实施专案调查的第一个专门性文件。
专案调查，是针对渎职侵权犯罪案件涉案领域广泛、专业性和技术性强、危害后果严重、干扰阻力大等实际情况提出的，核心是与党委领导的反腐败领导体制和工作机制对接，将渎职侵权犯罪侦查工作纳入反腐败整体格局。具体操作是由牵头单位提出，商纪检监察机关（或检察机关）、有关行政执法部门同意，聘请行业中介组织、技术鉴定检验单位工作人员参与，建立联合执法机制，共同就渎职侵权犯罪事实、犯罪情节、犯罪后果、犯罪因果联系等问题进行调查，提出对案件事实、案件性质、危害后果、形成原因、责任承担等方面的调查意见。构成犯罪的，由检察机关决定立案侦查，不构成犯罪需要作党纪政纪处分的，由纪检监察机关或行政管理部门处理。
