从目前来看，深圳和上海是我国工资保障基金制度建立比较完善的城市，但两市制度差异比较明显:
一是两市制度的立法层次和规范差异。深圳条例的颁布机构是深圳市人大常委会，是地方立法机关，其规范性质是地方法规。由于全国人大有授权特区立法的权限，使得深圳的地方立法有其立法根据，与《立法法》不冲突。而上海相关规定的颁布机构是上海市政府，是地方行政机关，其规范性质是地方规章，虽然该地方立法有国务院的一些文件根据，但缺乏立法权源，其中征收企业欠薪保障金的规定，与《立法法》有冲突，消除这种冲突的基本做法需要通过国家立法机关的欠薪保障立法加以解决。
二是覆盖范围的差异。深圳条例适用于深圳经济特区内的企业、其他经济组织、民办非企业单位等组织，但个体工商户除外。深圳条例的覆盖范围比上海市要广些。上海规定适用于上海市范围内的企业，包括领取营业执照的企业分支机构。但上海在建筑施工企业实行工资保证金制度，因此建筑施工企业不适用欠薪保障金制度。上海规定的覆盖范围仅限于企业及其分支机构，而且排除了建筑施工企业(该类企业通过工资保证金制度解决)，没有包括其他经济组织、民办非企业单位等组织。
三是缴纳欠薪保障费的差异。深圳条例规定，用人单位应当在每年第一季度缴纳400元欠薪保障费，新成立的用人单位于成立次年开始缴纳。这主要归功于该基金的连续多年盈余，使深圳修改条例，合理减少征费。上海规定，企业、企业分支机构每年缴纳一次欠薪保障费；缴费的具体数额，为上海公布的上年度月最低工资标准的数额，2008年上海的月最低工资标准为960元。相比之下，深圳的收费方式借鉴了香港的法例，采取按户定额收取方式，操作简单明了。两市收费方式受到批评的一个方面是，不论用人单位规模大小、人数多少，采取一刀切的收费方式，有失公平。指责批评的意见固然有其道理，但从香港、深圳、上海基金的运作情况看，这种收费方式不采取与社会保险费挂钩，容易收取，操作计算方便，有一定的可取之处。
四是申请欠薪垫付的情形存在差异。深圳规定法院受理破产的情形，劳动者即可申请欠薪垫付；而上海除了企业破产，还有企业解散、被撤销进入清算程序，均属于劳动者可申请欠薪垫付的情形，比深圳的规定要宽些，也更符合企业欠薪的实际发生情形。上海还规定了欠薪事实要由企业、企业清算组织确认，或者已由人社部门或者劳动争议处理机构查实，这一规定也比深圳没有规定审查的程序更合理些。
