虽然形成了上述保护模式，但是，生物技术的专利保护问题一直以来都是国际社会有争议的问题之一，也是WTO乌拉圭回合谈判过程中的一项议题，不仅发达国家与发展中国家存在巨大分歧，而且发达国家之间也存在许多争议。各国对生物技术专利保护的差异，不仅和各国专利制度的历史、经济政策以及技术发展特别是生物技术发展的水平相适应，也反映了各国对生物技术专利的接受程度。
目前，我国对生物技术的专利保护完全达到WTO《与贸易有关的知识产权协议》的要求，而且对可授予专利的生物技术的范围也是比较宽泛的，基本上和发达国家一致。但是，我国专利法忽视了生物技术对生态环境的影响，忽视了生物安全问题;另外，我国专利法也没有将对生态环境的影响作为专利审查的内容和标准，这不符合可持续发展战略和环境保护一体化的要求。实际上，对生物技术可能给生态环境带来的损害，有关部门已经予以了重视，例如，我国农业部颁布实施的《植物新品种保护条例实施细则》规定:对危害公共利益、生态环境的新品种不授予品种权。这一规定实际上就是将对生态环境带来损害的生物技术排除在法律保护之外。这一点，部门立法反倒走在了前面。
笔者认为，我国对生物技术进行专利保护时应当采取慎重的态度，应该在风险预防原则的指导下对其决定是否予以保护，这不仅将对维护生物安全具有重要意义，同时，也可以作为限制外国生物技术专利的合法、有效的手段。
风险预防原则(precautionary principle)在理论上对其有不同的解释，一种解释是:“风险预防原则也称风险防范原则、防备原则、谨慎原则，是指如果对某种活动可能导致对环境有害的后果存在着很大的怀疑(strong sus-picion)最好在该后果发生之前不太迟的时候采取行动[6](P.89)。国内学者都按《里约宣言》的规定，将其解释为:“为了保护环境，各国应按照本国的能力，广泛适用预防措施，遇有严重或不可逆转损害的威胁时，不得以缺乏科学充分确实证据为理由，延迟采取符合成本效益的措施防止环境恶化。”以上解释都表明这样一个基本精神:当遇有严重或不可逆转的威胁时，不得以缺乏科学上的证据为由，推迟或拒绝采取行动保护环境。
风险预防原则立法兴起于20世界80年代，其最初是德国在20世纪60年代提出的，随后被一系列保护海洋的国际文件所采纳。风险预防原则在国际环境法律文件中，例如，《生物多样性公约》以及《卡塔赫拉生物安全议定书》中都得到了肯定。同时，该原则在其他一些国家和地区也明确得到了承认，例如，非洲《关于生物技术安全示范法》中明确规定了严格的事先预防原则。（注：Edited by LUC BODIGUEL and MICHAEL CARDWELL:The Regulation of Genetically Modified Organisms:Comparative Approaches，OXFORD university press，p.2(2001)．）
