第二，转基因生物对自然生态环境存在潜在的风险。
转基因生物对环境的影响可能是直接的，也可能是间接的;可以是马上出现也可能是延迟出现的。这种风险具体体现在转基因生物的“基因污染”可能造成的生态风险。“基因污染”即基因工程作物中的转基因能通过花粉(风媒或虫媒)所进行的有性生殖过程扩散到其他同类作物上，在遗传学上称为“基因漂散”(gene flow)。而这种人工组合的基因通过转基因作物或家养动物扩散到其他栽培作物或自然野生物种并成为后者基因的一部分，在环境生物学上则称为“基因污染”。（注：南宁政务信息网:“浅析基因污染的概念及应对措施”，2005年6月1日。）例如，利用基因技术种植抗干旱、抗伏倒、高产量的玉米或者是抗干旱、抗虫害的棉花，但是由于没有对特殊基因物质进行有效的控制，其通过风媒或虫媒散播了，结果在玉米或棉花旁边长出了抗伏倒、抗干旱、抗虫害、高产量的杂草。这种杂草比其他植物在自然中散播和存活的时间长，因为转基因技术赋予了这种杂草与其他植物竞争的优势并可以侵占其他植物的领地[2](P.106)。（注：DAVID NAIOU:BIOTECHNOLOGY＆NANOTECHNOLOGY－Regulation under environmental，health，and safety laws，OXFORD UNI-VERSITY PRESS，p.34(2009)．）这不仅增加了除草的难度，也给对农作物野生近缘种的利用造成困难或使其成为不可能。不仅如此，受基因漂散过程影响的植物，其从转基因中获得的性状因为是未经过自然选择过程的，其结果将会打破自然界的生态平衡，影响整个地球的生态系统。所以，“基因污染”对地球生态系统具有潜在危险，忽视这种危险，可能将重蹈工业革命对环境大规模破坏的覆辙，招致一场不可收拾的灾难。与其他形式的环境污染不同，植物和微生物的生长和繁殖可能使基因污染成为一种蔓延性的灾难，而更为可怕的是，基因污染是不可逆转的。从美国的“星联玉米事件”，加拿大的“转基因油菜超级杂草”，到墨西哥的“玉米基因污染事件”越来越多的事实表明“基因污染”的威胁不容忽视。（注：人民网转基因专题:“基因污染威胁中国生物安全”，2004年10月20日。）
第三，转基因技术对生物多样性的影响。主要体现在如下方面:
1.物种的引进和驯养问题。引进物种的原因可能是有意识的，有时也可能是偶然的错误。无意识的引进往往对生态环境造成很大的损害。物种的混杂使某些物种会损害当地的物种，改变生态系统和食物链。例如，滇池到20世纪80年代大部分水生植物相继消亡，存30余种，祸害就是一种外来的名叫凤眼莲的植物，它严重破坏了滇池水生系统的结构和功能，导致大量水生植物死亡。（注：参见“国家渔政部门表示我国欲建外来物种预警机http//www．legalinfo．gov．cn/gb/special/2003－01/15/content_10032．htm．）此外，有意识的引进物种行为也并不全都会结有益之果。有选择的驯养物种，也会破坏生物多样性，以法国为例，在19世纪，法国可以生产2 000多种苹果，但是后来由于农民有意识地选择市场更乐于接受的品种，今天法国的苹果品种只有10余种;此外，栽培与推广单一的高产品种，人工林品种单一化都影响到生物多样性的质和量，而生物多样性的减少，使得人们无法从中培养和驯化更好的生物品种，这必然会影响到人类未来的食物结构[3]。由此可见，物种的驯养和引进会影响生态平衡，改变生物多样性，从而影响人类的生存。
