国家主权，是国家最重要的属性，是指国家有独立的自主地处理其对内对外事务的权力。国家主权具有两方面的特性：一是对内的最高权；二是对外的独立权。虽然自近代以来，对主权有不同的理论解释，但各国在实践上都十分重视自己的主权，并特别强调主权平等的原则[12]。美国历年发表的国家安全战略报告和《四年防务评估报告》，也都把维护美国的国家主权列为首要任务。在这个主权林立的国际社会中，如果不着重于此点，将国家区分为大国、小国，有强、弱之分，那么，国家之间也就无法正常地交往，国际事务也就不能有良好的合作。任何国家，不管它有多强大，都不应以损害或侵犯他国主权来达到维护本国主权的目的，更不应依仗自己的强大来建立世界霸权和霸权秩序，破坏国际关系的基本准则。这项原则应该同样适用于各国的国际反恐怖斗争。“在反恐怖斗争中维护本国的安全、国家主权和领土完整与尊重他国的安全、国家主权和领土完整应该是同等重要的。”[13]当世界各国以美国为中心建立反国际恐怖主义联盟的时候，把握这项原则显得至关重要。
（二）政治、经济与法律等相结合的原则
展望国际反恐的合作前景，当前仍然面临不少困难，如（1）由于国际社会对国际恐怖主义的内涵没有达成共识，对国际恐怖主义的认定就非常复杂；（2）国际社会目前尚未形成公正的社会秩序和公正的利益协调机制；（3）由于各国的利益和矛盾冲突，全面合作反恐常常是“貌合神离”，严重地影响到反恐合作的效率；（4）国际恐怖主义的暴力手段走向了智能化和非暴力化，使国际反恐的对策，特别是“以暴制暴”的策略，陷入了一个带有怪圈的泥潭等。这些问题必须以全新的视角去诠释，以更有效的、多种手段相结合的方式去解决。
以当前的国际反恐形式来看，松懈的没有国际强行约束力的政治外交行为不足以将各国真正要求在统一的反恐联盟中；军事行动不足以根治国际恐怖主义，还会产生更多的国际猜疑和制造更多的混乱。统一的国际反恐条约却难以实施，真正全面的司法合作机制尚正在构建。因此，任何一个方面的国际反恐怖措施和策略都还有值得改进的余地，就综合来讲，则是某些国家应反思和世界各国共同努力的方向。一句话，国际反恐合作靠单打独斗，靠单一军事策略，靠单一方法，既不是当前国际反恐实践的反映，也不是未来根治国际恐怖主义的良方，因此必须展开全方位的合作，既要有政治的、军事的、外交的、经济的合作，也要有法律的合作。
（三）在联合国框架下的利益协调一致原则
国际合作反恐是全人类的共同任务，是21世纪国际关系极其重要的内容，事关维护世界和平、稳定与发展的大局和全局问题[14]。但随着合作反恐的深入，各国利益在不同程度上的冲突也会加剧，甚至有时到分裂的地步。在这样一种国际环境中，如何更好地协调各国反恐，使各国回到统一的机制中来，任务相当艰巨。谁在其中发挥核心作用，则是至关重要。
联合国是世界上各国公认的最大国际组织，也是处理与解决所有国际事务最有权威的机构。“9·11”事件的发生，宣告了恐怖主义已走上了超组织血腥与大规模杀戮的道路，同时也使各国展开全球范围内的国际反恐合作。由于反恐已从部分国家部分团体进行的部分事务升格为全球性、关注全人类未来前途的事务，理应由联合国在反恐中发挥主导作用。并使打击恐怖主义处于联合国的框架内，按照《联合国宪章》和国际法行事。
确立联合国在反恐斗争中的核心原则，与国际当前反恐的单极化密不可分。从国际反恐斗争一开始，关于联合国的地位和作用问题，就出现了两种不同的观点和立场。中国、俄罗斯、法国等绝大多数联合国成员国和联合国秘书长安南都反复强调，联合国应在反恐中发挥主导作用，打击恐怖主义应在联合国的框架内、按照《联合国宪章》和国际法行事，并认为应该组成一个由联合国领导的国际反恐联盟[15]。而美国却对此置之不理，一意孤行，坚持认为自己应在反恐联盟中起主导作用，并将自己的“单边主义”反恐体系发挥得淋漓尽致，对其他主权国家以反恐为由悍然动武。这对联合国的权威造成了严重的挑战。在这种情形下，如果不坚持联合国的领导权，国际合作反恐的前途将是非常危险的。
三、构建国际反恐怖合作的防范体系
目前国际上进行反恐行动的目标大概可以归结为四个重点，即：（1）终结国家对恐怖主义的支持[16]；（2）建立与维持一种负责任的打击恐怖主义的国际标准；（3）强化与维持打击恐怖主义的国际性努力，在现有的基础上，建立有意愿与有能力打击恐怖主义的国家的全面合作机制；（4）建立起在制止与破坏国际恐怖主义物质支援方面的合作机制，特别是关于大规模毁灭性武器与飞弹扩散等方面。这些方面的工作只有国际社会通过平等的磋商机制才能实现。
