第五，程序理性原则缺失，将行政复议的灵活、便捷优势简单化为过度简化程序，对调查与证据制度的规定过于简单，导致办案人员无所适从，复议决定的理性基础欠缺制度保障。
第六，程序公开原则缺失，行政复议过程封闭，不透明，不向社会公开，复议决定书不向申请人和被申请人作出详细的理由说明。行政复议由于实行书面审原则，不公开举行，公众无法旁听，既不利于对复议活动的监督，也使其公正性难以得到当事人和社会的认同。
复议程序所呈现出的前述缺陷都属于结构性制度缺失，严重阻碍了复议各项功能的发挥。立法当初为突显行政复议与行政诉讼之不同，也为体现行政解决争议所具有的高效、便捷优势，高举反司法化的大旗，却未料程序构建的反司法化制度定位反被指称为造成目前行政复议面临诸多困境的罪魁祸首。复议程序制度构建中的司法化与反司法化之争源于裁决争议本是司法性质的行为，但复议机关性质却归属行政机关，由此产生复议程序是依机关性质定位为行政程序还是按行为内容定位为司法程序的问题。其实如果承认行政复议与行政诉讼为并行的二元行政争议解决机制，则完全司法化与完全反司法化(极端行政化)都属极端情形，实则不可能。因为如采完全司法化，则行政复议同质于行政诉讼，几无存在之制度基础；如采完全反司法化，则又背离裁决争议活动对公正性的基本要求，复议几无存在之现实基础。因此，行政复议程序改革绝非将司法程序全盘照搬至行政复议，根本在于要将体现程序公正的基本要素引入行政复议中，[6]在行政复议中确立公正程序的各项基本原则，切实保障申请人的各项程序权利，在此基础上完成对复议程序制度的重构，具体包括以下制度：
1.增加规定申请人既可以向行政复议机关递交复议申请书，也可以向作出原具体行政行为的行政机关递交。复议申请书直接向原行政机关提出，使得原行政机关有机会重新审视自己的决定，如果认为决定违法，自行撤销，行政争议得以解决，可以减少复议的发生。考虑到实践中申请人本身可能并非愿意直接与原行政机关打交道，而且，是否有可能出现原行政机关不将复议申请递交行政复议机关的现象，由之反而徒增障碍？因此，赋予申请人以选择权，以最大限度地保护其复议申请权的实现。
2.增加规定回避制度。当行政复议工作人员出现法定回避情形时，应当回避，不再参与复议案件的审理。
3.完善调查与证据制度。包括：细化、完善证据的调查与收集的相关规则；完善被申请人举证责任规则；增加规定证据交换与证据保全制度；增加规定非法证据排除规则与自认规则等。
4.将复议程序类型化为一般程序和简易程序。行政复议案件情形差异很大，有的案情重大、复杂，有的案情事实清楚、比较简单，有必要对复议程序进行繁简分流，进行类型化规定。可以考虑将复议程序区分为一般程序与简易程序两种，分别规定不同的适用情形与程序规则。当然，简易程序中仍然应当保留听取申请人意见等基本要素，只是不采用双方当事人对质辩论的方式。一般程序则采用开庭审理的方式，适用直接言词原则，允许申请人与被申请人之间展开辩论。应当采用一般程序审理的案件，如果申请人提出申请愿意采用简易程序审理的，应当尊重申请人的意见采用简易程序审理。
