3.in dubio pro reo对再审的适用
in dubio pro reo虽然主要适用于对案件事实的判断，但是，在当代西方，有将其扩大适用于除此之外的若干程序问题的趋势。关于该原则对再审的适用力的承认便是这一趋势的明显反映。
再审虽然是与一事不再理密切相关的程序，但其与in dubio pro reo并非完全没有关联。因为尽管in dubio pro reo不可能直接适用于再审程序，但是其构成启动再审的重要前提之一。这是因为，一方面，既已生效的成判有可能是违反in dubio pro reo的结果，在这种情况下，对该原则的违反本身即足以构成启动有利被告的再审的理由；另一方面，随着新的有利被告的证据的发现，成判所赖以做出的事实有必要重新认识与判断，并因而引起怀疑与动摇，这样，成判所认定的事实也就存在着需要重新适用in dubio pro reo原则的问题。正是在这个意义上，当今西方尤其是德国普遍承认in dubio pro reo对再审的间接适用力。
德国学者海尔曼关于in dubio pro reo与再审的关联的如下分析应该代表了德国关于in dubio pro reo对再审的适用的主流观点：“in dubio pro reo的基本原则虽然在再审中不可以直接适用，但是再审的证明并不需要对所提出的主张的完全证明。因此，怀疑在这里可以间接发挥作用。因为对于前已存在的判决的动摇或者是对于其公正性的重大怀疑就可以赋予申请再审以正当性。如果遭到质疑的判决通过新的证据的证明而丧失事实基础以致失去其说服力，那么案件的判决就被推翻。”[27]
4.in dubio pro reo对程序违法的适用
关于in dubio pro reo是否适用于对程序违法的证明，西方主流观点持否定态度。根据这一立场，在被告主张其在侦查过程中受到刑讯之类的场合，如其主张无法得到证明，则只能做出对其不利的否定判断。德国联邦最高法院曾通过判例确认了这样的观点，认为程序违法无法得到证明时，则需得出不利被告的结论。然而，这一主流观点在德国也受到了挑战。如罗科信指出，“不过此是否具有永久的正确性，在法治国家的标准衡量下，不无疑问；就被告陈述时亦应尊重其自由意志决定权的观点而言，罪疑惟轻（引者注：原文为in dubio pro reo，译文有误，应译为”有利被告“）亦应适用于违反刑诉法第136a条[28]的案件。较正确的主张应是，在违反程序规定的案件中，有重大质疑时，应为有利于被告之决定。”[29]德国学者莱曼（Lehmann）、库恩（Kuhne）、郝飞（Haufy）与鲍尔（Bauer）等也都认为，如证据表明程序违法具有“极大可能性”，则应该允许in dubio pro reo被适用于对程序违法的证明。[30]由此看来，在德国，主张in dubio pro reo可以附条件地适用于对程序违法的证明的反主流呼声也并非一家之言，这也在相当程度上反映了前文所述的扩大in dubio pro reo适用范围的趋势。
在当代西方，就in dubio pro reo之定位及其适用范围，除以上所列之外，尚存多个争点，如in dubio pro reo是否适用于诉讼前提要件的证明等，在此不需一一赘述。因为前文的列举已为后文将对in dubio pro reo应然的定位的分析提供了充分的前提条件。
二、有利被告的应然的宏观定位
如前所述，围绕in dubio pro reo的广、狭义之争，引发了关于in dubio pro reo究竟是一条同时适用于程序与实体的综合性的刑事法原则还是仅只适用于程序法领域的诉讼法原则的争论。这一事关in dubio pro reo的宏观定位的论争，究其原因，大致有如下三点。
首先，鉴于in dubio pro reo这一法谚是以拉丁文的方式流传下来的，人们理所当然地将其源头追溯到古罗马法。然而，在罗马法中，并无in dubio pro reo即“存疑时有利被告”一语可寻。因此，人们往往把出自罗马皇帝图拉真之口的与此相近的御示作为in dubio pro reo原则的源头。如德国学者约翰·沃克·彼得（Johann-Volker Peter）指出，“如对被告有罪留有某种疑问，则裁决应有利于被告”的原则“来自拉丁法谚in dubio pro reo，其意为‘给予被告以疑问之益’。该原则的最早的源头出自罗马皇帝图拉真，当时他提供了这样的法律意见，即‘与其对一个无辜者判刑，还不如不惩罚一个罪犯的行为’。”[31]然而，罗马法中即使同是图拉真，有关有利被告的法律意见并非限于彼得所引证的这一段，而是既涉及到程序问题也涉及到实体问题。如“在法律的解释中，刑罚应该缓和而不是严厉”[32]一语，即同样是出自罗马法，而这显然表达的是从实体上对被告做出有利解释。正由于部分西方学者片面地将图拉真有关事实存疑应有利被告的法律意见引为in dubio pro reo的唯一源头，而有意无意地将其法律存疑应有利被告的法律意见排除在外，才导致了狭义说的流行及其与广义说的分庭抗礼。
其次，中世纪基督教道德神学中的怀疑论所着力解决的主要是对事实的怀疑。相应地，在此间的教会法中，作为in dubio pro reo的适用前提也主要是事实方面的疑问。而近现代西方法学中关于in dubio pro reo的解说难免带有中世纪与早现代教会法学的遗风，以至于美国学者惠特曼直截了当地宣称，“in dubio pro reo规则的确是一条道德神学规则”。[33]正由于现代西方法学与教会法固有着如此密切的联系，中世纪教会法中的in dubio pro reo的重程序轻实体的倾向自然而然地遗传到了现代西方法学之中。当今西方流行的狭义in dubio pro reo论即渊源于此。然而，至17～18世纪，教会法中的in dubio pro reo的适用范围已由单纯的事实存疑向法律存疑扩展。受此影响，世俗法中出现了英国法官所主张的对法律的有利被告的限制解释即从宽解释。[34]广义in dubio pro reo论也就应运而生，并因而形成了与狭义论的互相对立。
最后，现代刑事法有别于前现代刑事法的显著特征是程序法与实体法的分立。作为自罗马法乃至古希腊即已形成的刑事法原则的in dubio pro reo，在刑事法现代化过程中，也面临归属于刑事程序法还是刑事实体法的问题。这样，本同归in dubio pro reo名下的诸项要求也就被一分为二地分别适用于程序法与实体法。相应地，在渊源上对罗马法具有极大依附性的大陆法系，虽然沿用了in dubio pro reo概念，但形成了程序法领域内以in dubio pro reo来指代有利被告，而实体法框架内则以严格解释之类来表达有利被告的分野，从而导致了狭义的in dubio pro reo。与此不同，英美法系一方面在渊源上对罗马法不具有强烈的依附性，始终不存在in dubio pro reo的概念，另一方面没有严格的程序法与实体法之划分，而是以排除合理怀疑与从宽解释等具体原则在同一刑事法领域表达有利被告的话语，因而也就无所谓广义或狭义之争。
然而，在全球化的今天，两大法系之间通过国际公约与国际法庭之类场合的对话机会日益增多。大陆法系所流行的将in dubio pro reo的适用范围限于程序的狭义论，受到了来自非大陆法系的基于有利被告的精神而将in dubio pro reo的适用范围扩张解释为程序与实体兼顾的广义论的挑战。前文所引的沙哈布丁法官与斯奇姆伯格法官在卢旺达国际刑事法庭关于in dubio pro reo是否适用于法律的解释的分歧，在很大程度上便是来自非大陆法系的广义论挑战大陆法系的狭义论的反映。来自英美法系国家的英属圭亚那的沙哈布丁法官广引美国联邦最高法院判例，力主in dubio pro reo原则应该适用于对刑法的从宽解释，显然持的是英美法的立场。而来自大陆法系国家的德国的斯奇姆伯格法官则从德国联邦最高法院的判决中寻找支持in dubio pro reo只得适用于事实存疑的根据，固守的是大陆法系的传统。
