中立是程序公正的基本特征。程序公正要求法官在司法过程中保持超然于控辩双方、不偏不倚的居中地位，克服对任何一方的偏见、歧视和对案件先入为主的预断，给各方当事人以平等的发布意见的权利，并平等的听取各方当事人的意见，公平、无私地做出合法、合情、合理的裁判。从诉讼制度设计上，保证控辩双方享有均衡的条件和机会。例如，这次修改刑事诉讼法，立足于强化辩护的有效性，完善辩护律师会见制度，解决律师会见难和阅卷权等问题，促进控辩双方庭审对抗。再比如，强化了检察机关在简易程序中的公诉权。对适用简易程序审理的公诉案件，现行刑事诉讼法规定为人民检察院可以不派员出席法庭，而修改后的刑事诉讼法要求人民检察院应当派员出席法庭，其主要意义，就在于厘清控诉与审判职能，维护法官中立地位。
制约是程序公正的基础。侦查、起诉和审判是司法过程的主要环节，人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，应当分工负责，互相配合，互相制约，以保证准确有效地执行法律。制约是在权力行使过程中进行的约束和限定，能起到防止和纠正权力滥用的作用。与监督的事后性相比，制约主要是事中的，因而更加有效。在刑事诉讼中不仅需要监督，更需要制约。公检法机关要在分工负责、互相配合的基础上，更好地发挥互相制约作用，分别把关，互相检验，共同确保法律的严格、准确适用。此次刑事诉讼法修改，在很大程度上强化了各机关的相互制约作用，例如，增强了检察机关对羁押必要性的审查，规定人民检察院对于以非法方法收集证据的行为应提出纠正意见，人民检察院可以提请人民法院通知有关侦查人员对证据收集的合法性出庭予以说明；人民法院在一定条件下可以要求公安人员出庭作证，人民法院经过审理确认或者不能排除存在以非法方法收集证据情形的，对有关证据应当予以排除；公安机关对于检察机关附条件不起诉未成年人犯罪的决定有权要求复议、提请复核，等等。上述规定都是互相制约的具体体现，对于遏制非法取证、共同确保办案质量，无疑具有重要意义。
民主是程序公正的重要体现。刑事司法程序的民主性，主要包括尽最大可能实现和保障人民参与开庭审判的权利，充分尊重和保障诉讼参与人的知情权、参与权、选择权，尊重和实现其各项程序性权利，使其参与到“看得见的正义”的形成过程中去，充分表达自己的诉求，也要求法官尊重并认真聆听他们的诉求，增强诉讼结果的公正性、可接受性，使裁判更贴近社会公共价值观，使法治精神更为普及。此次刑事诉讼法修改，赋予辩护人、诉讼代理人申请回避及复议的权利，明确规定适用简易程序的前提条件是被告人对此没有异议，就体现了尊重被告人、辩护人程序选择权的立法精神。
