《清洁水法》并没有提到水质交易，而且包含一些可能会阻碍交易的条款（如反倒退。反退化。许可证和公众评论条款）。处理由立法模糊引起的一些复杂问题也需要花费大量人员和精力。而那些负担过重的许可证办理员和谨慎的立法委员也许会不愿意或不能投入这么多的时间和精力。
我国的《水污染防治法》目前只规定了总量控制制度和排污许可制度，但至今没有出台具体的实施细则，也没有类似NPDES许可证制度设计，更没有关于反退化和反倒退这样的规定，如果今后要建立国家层面的水质交易制度，建议考虑为非点源参与点源水质交易制定一套更灵活的许可政策和规则。
3.2 制定NPDES和TMDLs是非点源参与点源交易的必要前提
监管要求促进了对交易的需求，扩大了交易的功能。TMDLs为交易确立了具有强制性的现实的框架，因为它考虑到了所有潜在污染者在安全边际和详细实施规划条件下保护水质的能力。这种交易机制在相当程度上依赖于负荷削减和实际TMDLs的实施规划。目前，由于制定TMDLs计划代价昂贵且耗时，因此不少州因为缺少资金支持而没有制定TMDLs计划；但是缺乏TMDLs计划，交易的设立就缺少了实在的框架。TMDLs计划的延缓确定，肯定会阻碍交易项目。目前美国正加快制定最大日负荷总量以支持交易。
我国的总量控制制度与美国的TMDLs有一定的相似之处，而TMDLs计划是在满足水质标准的条件下确定总量，其最大特点在于将污染物排放总量分为点源和非点源，并将总量合理地分配到非点源，为水质目标的实现提供了保证。我国可以借鉴TMDLs的成功经验在非点源参与点源水质交易中进行试点。
3.3 重视污染削减责任在不同污染者之间的公平分配
目前，点源和非点源在控制水污染中面临着不同的监管要求。非点源在许多区域中是导致水质恶化问题的主因，然而管理控制并不严格，有时甚至以自愿为基础。当前水污染控制备受关注的焦点是它没有对非点源施加强制性控制义务。
交易项目能逐步改善点源和非点源之间污染控制责任的公平性问题。交易有助于在污染源之间公平分配，这意味着那些能以更低成本削减污染的污染源应该削减更多的污染。非点源与点源相比能以更低的成本产出污染削减信用，鼓励非点源产出更多的污染削减信用，并将信用售卖给点源。点源和非点源之间的交易能为参与各方提供重大的惠益。
我国水污染的来源也主要来自点源与非点源。《水污染防治法》中对点源污染防治的责任给予了明确规定，而对来自农业方面的非点源治理责任并未明确界定，原因在于非点源责任的执行存在困难。而水质交易，尤其是非点源参与点源水质交易可能是解决该现状的途径之一，可以在控制水污染和责任的公平分配上实现双赢。
