如，第85条规定，报案人、控告人、举报人如果不愿公开自己姓名和报案、控告、举报的行为，应当为他保守秘密。这种保密仅仅是侦查阶段的保密，不适用于审判阶段。证人身份及证言最终将公开，仍然存在会受到打击报复的风险。
我国证人保护的相关法律规定不相一致，刑事诉讼法对证人及其近亲属一并予以保护，而刑法中相关规定的保护对象仅有证人，对证人近亲属的保护处于空白，使得证人作证仍有后顾之忧。法律保护的对象范围不一致，造成司法机关在执行法律规定保护证人时的推诿和混乱。
当前，我国法律对证人的保护仅通过刑法、刑事诉讼法、社会治安处罚条例来对证人进行事后保护，这样的保护具有滞后性，不能及时对证人及其近亲属的人身、财物进行保护，肖敬明案中，如果司法机关能够及时依法予以保护，肖敬明及其近亲属就不会遭到数年的打击报复而生活没有保障。
最后，就是我国在司法实践中，已作出悬赏鼓励公众提供破案线索、举报等举措，但对于证人出庭作证却作为一种义务而没有经济上的鼓励和嘉奖，并对证人因作证而受到损失的经济补偿没有明确的规定。
二、国外证人保护规定
保护证人，是当前各国刑事司法的重要任务之一，此为我国司法实践的薄弱环节，而在国际上，有的国家对于证人保护已有了自己的一套完整的制度体系，值得我国学习和借鉴。
（一） 美国的证人保护制度
早在1970年，美国《有组织犯罪控制法》（Organized Crime Control Act）的第五部分对证人保护进行专门规定，并由专门机构马歇尔办公室执行为证人提供安全、健康的服务。1997年10月修订的美国法典第9-21章，对证人保护的对象、批准程序、保护措施、被保护的证人的权利与义务等都进行了详细的规定。其中，对刑事案件中重要证人的保护措施值得我国借鉴。该保护规定主要是马歇尔办公室帮助证人及其亲属、其他有社会关系的人以新的身份，在一个不会被认出的新的城市就业、生活。这一保护措施需要多部门的合作与保密，要求有严密的程序予以保障。同时为证人提供约6万美金的经济帮助，我国香港和台湾地区也分别于2000年和2001年颁布《证人保护条例》和《证人保护法》。必要时还会提供心理医生、伦理咨询和社会工作者。这些帮助举措从一开始就予以运行，而不问证人的身份及前科情况。
