6、部分案件的办案民警擅自对扣押物品进行处置。
由于缺乏程序规范意识，极个别的一线办案民警想当然的将从一名毒品犯罪嫌疑人查获的数包毒品解开各自的包裹合并成一包再予以扣押，而数包毒品很可能种类不同或者有的包内装有假毒品；或者是同时查获多名毒品犯罪嫌疑人，想当然的认为是共同犯罪，将各自持有的毒品解开包裹合并成一包称量。再如对查获的数包颗粒状、片剂状毒品疑似物，认为解除小塑料袋的包装不会影响毒品重量的称量和性质的鉴定，而随意混杂合并（如2009年5月办理的李某某非法持有毒品案，乘警就将在列车上查获的李某某所带的两包不同颜色的麻古片剂混成一包）。这种做法的结果就是将一起证据确实的毒品案件人为变成基本事实不清的疑难案件，甚至因为不符合立案起诉标准而放纵了毒品犯罪分子。
此外，毒品提取扣押程序中还存在扣押后对物品的处置无人监管、部分案件无扣押手续就直接由办案人员送到法医检验鉴定中心进行鉴定等问题。
（二）毒品鉴定程序中存在的问题
毒品鉴定是毒品定性和定量的唯一依据，在假毒品、掺杂的毒品时有出现以及刑法对毒品犯罪以克为量刑计量标准的情况下，鉴定的科学性、公正性尤显重要。然而，司法实践中毒品鉴定还存在一定的问题，既有制度设置上的欠缺，也有具体操作层面上的不规范之处。
首先是毒品鉴定机构的设置问题。我国刑事诉讼法对于毒品由哪个机构或者部门鉴定没有明确的规定。目前，我国毒品鉴定机构设置在公安局，由此产生的办案模式就是从毒品犯罪从查获、立案、侦查到毒品鉴定都是由公安机关一家完成，缺乏监督的现状既不符合权力相互制约的基本原则，又有违犯罪嫌疑人、被告人诉讼权利充分保障的诉讼原则。
这种模式在实践中的危害主要表现在：1、个别辩护人提出公安机关对毒品案件是“自侦自鉴”，缺乏必要的透明，缺乏监督机制，诉讼程序的公正性受到质疑；2、更有甚者，个别地方的公安机关为扩大侦查成绩，在毒品鉴定上弄虚作假，致使无罪的人受到刑法追究，致使罪轻的人受到更重的不公刑罚。如2001年甘肃省临夏市公安局民警非法炮制的贩卖毒品案：五名禁毒警察，为完成办案任务，跟公安的“特情”配合，将自行加工的假海洛因栽赃给无辜的公民，指控其贩毒，致使三名涉案嫌疑人先后被一审判处死刑或死缓。这起令人发指的假案之所以能够在法治社会的今天顺利发生，原因固然有很多，但关键的一环在于公安机关对所谓的“毒品”居然能够“顺利”鉴定为海洛因，缺乏任何监督的鉴定险将三条无辜的生命变成冤魂。[1]
其次是待鉴定毒品的送交程序，缺乏规范性。
