1．扣押、清点过程无见证人在场，扣押物品、文件清单上也没有见证人签字。法律明确规定，任何涉案赃、证物均应当依法扣押，并要求与案件无关的人员见证。实践中绝大多数的毒品案件，侦查人员对毒品扣押时均有见证，但仍有极个别案件由于一线办案民警程序意识薄弱或者工作疏忽，仍出现扣押、清点现场无见证的情况。
2、毒品刑事摄影照片拍摄不清、不全，个别案件出现未对毒品及包装物刑事摄影的情况。刑事摄影照片对毒品及包装物拍摄不清楚，或者未对全部涉案毒品及包装物进行拍摄，致使出庭举证时被告人无法辨认，也有的辩护人当庭就提出异议。个别案件缺乏刑事摄影，经了解，原因在于由于公安机关装备配置的限制，有的办案部门未配备数码相机，从而丧失了对毒品查获时即证据固定的机会。
3、扣押清单上存在的问题，主要是：对物品特征如名称、规格、数量、重量、质量及其来源特别是包装物的特征描述不细致、不全面；在未作鉴定前即将查获的毒品疑似物表述为具体的毒品种类，甚至使用犯罪嫌疑人自述的说法（如有的嫌疑人称之为黄皮的毒品，其实是纯度不高的海洛因）；扣押清单上物品特征的描述与提取笔录、现场见证人的证言内容不一致等等。
4、对于扣押的毒品没有封存手续。
这是一般毒品案件扣押中普遍缺乏的关键环节。笔者认为，在毒品扣押程序中增加封存环节至关重要。理由如下：
其一：这是保证侦查程序公正性的要求。在公安机关对毒品进行扣押、清点之后一直到送交鉴定机构进行毒品鉴定的整个过程中，所查获的毒品完全处于办案民警的掌控之中，并不存在任何外部或内部的机构和个人对其行为进行监督，“缺乏监督的权力必然导致腐败”，不排除极个别公安人员有徇私枉法、报复陷害之虞。
其二，这是刑事证据证明力的要求。现在的扣押清单上只写明毒品的颜色、毒品的形状，多少颗粒，然后让犯罪嫌疑人签字。没有封存这一关键的环节，就直接交由鉴定部门鉴定称重。而鉴定部门出具的毒品检验报告中，往往只是简单说明毒品持有人的姓名以及毒品、数量特征，从检验报告中并不能必然得出送交的毒品和鉴定的毒品系同一毒品。司法实践中就有被告人在庭审时提出：“毒品不是我的”，或者“我自己没有带这么多毒品“或者”鉴定的毒品不是我被抓时缴获的毒品”，如此种种。《死刑证据规定》就明确规定：鉴定对象与送检材料、样本不一致的，不能作为定案的根据。由于书证扣押清单和毒品检验报告两份证据之间的关联性，因为程序上的缺陷而使证据组合后的证明力削弱，面对这种情况，庭审时公诉机关就要特意说明，并承担鉴定对象与检材一致性的举证责任，否则就要排除该份鉴定意见。
实践中极少有对毒品及包装物进行指纹鉴定，即使侦查机关有鉴定的要求，也因为办案民警对毒品及其包装物的触摸，留有办案人员的指纹从而破坏痕迹鉴定的条件。尤其对于被告人始终不认罪的案件，上述侦查活动的不规范直接导致指控的力度削弱。《死刑证据规定》第六条第五项规定了对现场遗留的与犯罪有关的具备检验条件的血迹、指纹、毛发等，要通过DNA鉴定、指纹鉴定等与被告人的生物特征、物品等作同一认定。例如2007年8月办理的王某某运输毒品案，案件事实表明，乘警在列车上从被告人王某某随身携带的包中查获藏匿在一只药盒内、用无色透明塑料袋包裹的两袋白色晶状毒品疑似物。但被告人归案后始终不认罪，辩称包内毒品不是其所携带、所有。在有证据排除他人投放毒品在被告人的包内的前提下，所有的证据即两名旅客目击查获经过的证言和乘警出具的说明。虽然本案经庭审举证质证，法院最终采信了能够印证的三份证言（包括查获民警的书面说明），对被告人定罪量刑。但回想该案的证据收集上，如果上述言词证据能够辅之以法定部门出具的指纹鉴定，即如果能够在查获后及时对药盒和包裹的塑料袋进行指纹鉴定，确认被告人非法持有毒品的真实性，该份鉴定结论将大大增强指控的力度，也补强了证言的效力。
