考虑到现今土地被征收场合的农村集体主要是为农民个体暂存与分配土地补偿费、安置补偿费的中介主体，当前农村集体组织治理结构的不完善，时有发生的集体实权人物出卖、克扣、截留农民应获补偿款情况，还会进一步放大集体土地征收场合农民集体所有权的缺损。
(二)集体土地被征收中农民个体权利的缺损
1．农民个体的土地承包经营权
虽然《土地承包法》第32条规定“承包地被依法征用、占用的，有权依法获得相应的补偿”，《物权法》第132条再次规定“承包地被征收的，土地承包经营权人有权依照本法第42条第2款的规定获得相应补偿”，第121条规定“因不动产或者动产被征收、征用致使用益物权消灭或者影响用益物权行使的，用益物权人有权依照本法第42条、第44条的规定获得相应补偿”，均令对农村承包经营权的补偿得以从对集体所有权的补偿项目中独立，但在实际上迄今仍未形成对农民个体土地承包经营权的专项补偿科目。就连明确承认这一补偿的《物权法》在罗列补偿项目时，也全盘沿用了从未考虑此补偿专项的《土地管理法》，[1]令农民个体承包经营权的专门补偿失去了项目支持，这也令其从农民集体所有权补偿项目中实际脱胎独立变得更为艰难。
2．农民个体的住房、其他地上物所有权和宅基地使用权
《土地管理法》对因土地征收而引起的农民在宅基地上自建房屋的拆迁没有规定统一的补偿标准。现实中一般将这些房屋类推耕地“地上附着物”，授权省、自治区与直辖市具体确定其补偿标准与办法。在《国有土地上房屋征收与补偿条例》(以下简称《国条例》)出台之前，地方政府多参照《城市房屋拆迁管理条例》，对作为所有权人的农民个体进行直接补偿。实践中通常是土地使用单位将土地补偿费及包括农民房屋“地上附着物”补偿费在内的补偿方案一揽子提交农村集体组织协商、签署安置补偿协议，由集体组织代领并转交有关补偿费。在补偿费的标准上存在与城镇房屋相比普遍较低，且对与农民住宅兼有农民个体生产经营场所的经营性质缺乏考虑的问题。同时在具体补偿场合，对“农民房屋———地上附着物”的笼统补偿中并未澄清住房所有权与宅基地使用权的各自比例。这不仅是因为在历史传统中农村宅基使用权乃无偿取得、限制流通，从而缺乏发现其价值的市场机制，更因立法者关于“地随房走”在不动产征收场合的扩大解释:对房屋等不动产价值的补偿应包含了其所在土地的使用权价值，对后者不再单独计价。这种认识导致即便是有偿取得，且通过市场机制发现其价格的城镇国有土地使用权，在《国条例》中也未被单独列为征收补偿的对象，而只是笼统地以“房屋”为征收对象。在此基调下农村宅基地使用权被农民房屋所有权吸收，很可能是未来农村集体土地征收场合的处理方法。
