2000年后，一些旨在从一般意义法理学视野反思刑事诉讼法基本问题的尝试开始出现。最早以“法哲学”冠名的论文是锁正杰博士的论文，但从阅读其全文看来，正如论文第1章中所言，它只限于以已有中国教科书法理学的一般原则作为分析框架（比如刑事程序构成原理、司法认识的主客体因素、刑事程序的价值类型等等），这些分析内容都还仅仅是我国法理学教程中关于法理学原理的一般应用。尽管在论文中出现了西方一些流派中的代表人物对审判和刑事程序做出的“哲理式”的话语描述，但作者本身的自有话语体系依然是我国法理学教科书所筛选出来的西方法哲学原理。而且，这些西方法哲学原理在我国法理教科书中都只是只言片语式的嫁接，鲜有法哲学意义上的系统介绍和探讨，这也是教义学知识的必然特征。在这个意义上，该论文的贡献是中国法理学和刑事诉讼法中程序问题对接的尝试性探讨。2002年通过的吴宏耀博士的学位论文以心理认知作为认识论，系统考察了认知作为社会知识是如何切入诉讼，进而形成诉讼认知的；在这种诉讼认知理论体系下，他完成了认知和法律规范特征的部分位接，系统考察了诉讼认知过程中的思维机制；用他所得出的认知作为思维机制，与刑事诉讼法认知论的一个关键问题，即裁判事实，作出关联分析。应该说，这是刑事诉讼法向哲学认识论领域强力推进的一篇力作。它部分地解决了如何认识和判断事实，进而解决法律裁决的认知基础问题。然而，诉讼认知问题依然是心理学的问题，它要解决的是裁判者的内心确信问题，而非诉讼法哲学的最核心问题—诉讼法知识如何得以确信。笔者认为，刑事诉讼法的最核心问题恰恰在于：刑事诉讼“法原则”体系中哪些是可以解释刑事诉讼制度正当性问题的，法官作出裁判的心理确信问题虽然构成裁判的正当性问题之关键部分，但确保裁判的正当性却应当放在整个刑事诉讼体系中进行检验。另外，这篇博士论文是在整个诉讼法体系上而展开的，因此其整体上不具备刑事诉讼法哲学的特有基本范畴讨论的特征。
从上述博士论文知识命题的走向，我们不难看出，刑事诉讼问题寻求法哲学诸多视角解释的冲动是强劲的。其实，不仅中国政法大学刑事诉讼的博士论文存在着这种趋势，其他院校的一些博士论文也呈现出了这种态势。比如2007年吉林大学孙记的博士论文《现代刑事诉讼结构论的法理学分析》、2004年西南政法大学陈迎新的博士论文《刑事诉讼的理性精神—从权利行使的角度》、2002年西南政法大学梁玉霞的博士论文《刑事诉讼方式的正当性》等等。这种知识生产进路当然是得益于前人对刑事诉讼各个制度层面的问题所进行的“穷尽式”的对策研究、我国对西方法哲学的引介的全方位展开，以及其他学科对部门法学的渗透，这种良好的知识生产氛围从总体而言培育了刑事诉讼法研究采取融贯式的学理分析的土壤。但我们应当看到，研究者们所采取的知识生产进路的学理选择有时带有很大的随机性和任意性，即使他们的研究希望在诸如认识论、方法论上有所突破，但在把握适合于刑事诉讼最基本问题范畴的“法哲学”层次的选择上还没有形成一种共识性范式。
