由于妨碍刑法目的价值的非工具性所决定，必须在妨碍刑法目的价值中去探寻刑事诉讼的根源性价值。分析妨碍刑法目的价值的内涵，不难得出这样的结论：国家权力必须得到限制，即使其运用于刑事诉讼时；公民的基本权利必须得到保障，即使公民涉及到刑事诉讼；刑事诉讼程序必须是正当的，这种正当性包括对国家在刑事诉讼中的权力进行适度的限制、涉及刑事诉讼的公民的基本权利得到有效的保障、刑事诉讼程序本身是正义的而且正义必须被人看到。这与刑法或者其它实体法所调整的社会关系具有共通之处，即任何社会主体的权力或者权利都是有限度的而不能无限扩张，社会关系中的有些国家利益、社会利益、公民权利是不容侵犯的，任何法律主体的任何行为都必须得遵守正当的程序进行。经过类比，与正确适用刑法以控制犯罪的根源性价值是维护可能遭受犯罪行为侵害的社会秩序一样，对刑事诉讼中的国家权力进行限制、保障涉及刑事诉讼的公民权利、彰显刑事诉讼程序的正当性的根源性价值同样也是维护可能遭受国家权力不当侵害的社会秩序；秩序性作为刑事诉讼的根源性价值，意味着刑事诉讼中的国家权力有效并有节制地运行，意味着公民的基本权利得到有效的保障，意味着向公民彰显刑事诉讼程序是正当的。．
刑事诉讼的根源性价值是秩序性，是由秩序的普遍性决定的。关于秩序的普遍性，博登海默已经作了系统的论述，博登海默指出，在自然界、个人生活和社会生活中，有秩序的模式具有普遍性。关于个人生活和社会生活，“尽管存在着与主张行为受法律控制和社会生活受规范调整的观念相反的意见，但对历史的研究似乎可以表明，有序生活方式要比杂乱生活方式占优势。在正常情形下，传统、习惯、业经确立的惯例、文化模式、社会规范和法律规范，都有助于将集体生活的发展趋势控制在合理稳定的范围之内。古罗马人用‘只要有社会就会有法律’这样一句格言（ubi societas,ibi ius）概括了社会现实的这个方面。”{7}(P.225)博登海默进一步分析了人类对秩序之普遍需求的根源存在于三个方面：人具有重复过去令人满意的经验或安排的先见心理取向；对不是受关于权利义务对等的合理稳定的决定控制的而是受瞬时兴致、任性和专横力量控制的人际关系，人具有逆反心理倾向；对秩序的追求，人不仅具有其心理根源，还具有一种植根于思维结构之中的思想（智识）的成分。{7}(P.226)既然秩序性普遍存在于自然界、个人生活和社会生活之中，那么也一定存在于刑事诉讼过程中，因为刑事诉讼也是社会生活的组成部分。
刑事诉讼中的秩序与一般秩序一样，应当具有一致性、连续性和确定性，缺乏了一致性、连续性和确定性就不再是秩序了，而是“表明存在着断裂（或非连续性）和无规则性的现象，亦即缺乏智识所及的模式—这表现为从一个事态到另一个事态的不可预测的突变情形”{7}(P.219)的无序。无论我国刑事诉讼法是否足够完善，但也规范了刑事诉讼秩序的一致性、连续性和确定性，而刑事和解却提供了破坏这种一致性、连续性和确定性的平台。就刑事和解用于解决疑难案件而言，不仅破坏了公诉机关作疑存不起诉决定或审判机关作存疑无罪裁判的一致性、连续性和确定性，而且是助长侦查机关不按一致性、连续性和确定性的程序积极地去收集证据的行为，刑事和解对于有钱的加害方而言，是以钱赎罪或者获得非刑事化、轻刑化处分，逃避其应得的处罚，为了达成刑事和解，他们通常以金钱开道，动用各种人际关系，给刚直不阿的办案人员带来不应有的人际压力并降低其正常的办案效率，给贪赃枉法的办案人员增加受贿的机会，必然会破坏正常的侦查、起诉、审判秩序，刑事诉讼的一致性、连续性和确定性很难不遭到破坏。对于被害方而言，在被害方不愿意和解而司法机关或者加害方与司法机关共同施加压力迫使其和解的情况下，破坏了保障被害方合法权益程序的一致性、连续性和确定性；在被害方为了谋取超过实际损失的高额不正当赔偿的情况下，刑事和解鼓励了贪图不正当利益的社会风气，同时掩盖了绝大多数被害方得不到正当赔偿的现实，不利于尽早建立对被害人的国家补偿制度{8}。以如此巨大的负面价值为代价的效率，难道还要去追求吗？从长远来看，刑事诉讼的秩序价值遭到破坏后，刑事诉讼“存在着断裂（或非连续性）和无规则性的现象，亦即缺乏智识所及的模式—这表现为从一个事态到另一个事态的不可预测的突变情形”的无序状态，最终只会大幅度降低刑事诉讼的应有效率。
