由于上述区别，放射性污染与电磁辐射污染的防治原则存在根本不同，前者强调“预防”与“安全”，后者重在“风险防范”和“合理规划”。根据《放射性污染防治法》第3条的规定，放射性污染防治的原则是“预防为主、防治结合、严格管理、安全第一”，准确地体现了放射性污染的特点。但对于电磁辐射污染防治的原则，现有的地方立法要么回避，要么套用放射性污染防治的原则，如《山东省辐射环境管理办法》第3条规定，“辐射环境管理应当遵循安全第一、预防为主、防治结合、全面监控的原则”。回避和混淆两种辐射污染的防治原则，不利于厘清辐射污染防治的重点，设计更有针对性的管理制度和法律责任。
三、电磁辐射污染防治的基本原则：风险预防原则
传统污染防治的法律基础是损害预防原则（preventive principle），即只有损害后果及因果关系的可能性和现实性能为科学所证明，才需要采取预防措施。在对待诸如电磁辐射污染等存在科学不确定性问题上，在科学证明其危险之前假定是安全的，无须采取预防措施。随着科学技术的突飞猛进，环境风险与日俱增。迄今，人类对电磁辐射与人体致病之间的致病机理还没有科学上的定论，对电磁辐射污染进行防治是在充满不确定的情况下作出的。风险预防原则是专门针对在科学上尚未得到最终明确的证明，但如果等到科学证实时才防范措施则为时已晚的环境风险而制定的。在法律上对电磁辐射污染进行防治，需要突破传统法律对“损害的确定性”的要求，采纳风险预防原则(precautionary principle)，而非放射性污染防治中的损害预防原则。
风险预防原则还没有统一的定义。[3] 最有影响力的是《里约宣言》，它指出，“为了保护环境，各国应按照本国的能力，广泛适用预防措施。遇有严重或不可逆转损害的威胁时，不得以缺乏科学充分确实证据为理由，延迟采取符合成本效益的措施防止环境恶化”。风险预防原则反映了法律对科学上的不确定性进行防范的立法思想，它不仅为德国、英国、澳大利亚、美国等许多国家的国内法所采纳，还体现在《气候变化框架公约》、《生物多样性公约》等国际环境法中，其适用范围也不断扩大，电磁辐射污染防治就是其中之一。根据风险预防原则，以电磁辐射污染的危害性没有得到科学上的证实为由，拒不采取法定预防措施的，应当承担相应的法律责任。
