在适用该条款时需要注意的是，虽然此次修改作出了不得再次发回重审的明确规定，但是也有例外，二审法院发现被告人有“新的犯罪事实”或者程序违法的，依法还可以再次发回重审。“新的犯罪事实”主要指两种情况：一是被告人有需要追究的遗漏罪行，司法机关之前没有发现的；二是被告人在第二审期间实施了新的犯罪行为，如在看守所打死、打伤同监室人犯，需要追究刑事责任的情形。
另外，为了贯彻刑事诉讼法关于发回重审不得超过一次的规定，我们认为，在案件发回重审以后，原审人民法院在没有新的补充查证的事实和新补查的证据的情况下，不宜作出和重审前同样的判决。即，如果没有新的事实和证据，原审人民法院应当作出证据不足，指控的犯罪不能成立的判决；如果部分事实不清或证据不足的，应当对事实清楚，证据确实、充分的部分作出有罪或无罪的判决，至于事实不清，证据不足的部分，依法不予认定。
三、完善上诉不加刑原则
上诉不加刑原则是一项重要的诉讼原则，不仅是被告人在审判阶段行使辩护权的重要保障，更是二审法院确保审判质量的重要条件。虽然1996年刑事诉讼法明确规定了这一原则，但司法实践中仍然存有变相加刑的现象。为了贯彻这一原则，理论界和实务界普遍建议修改立法，禁止以变相加刑为目的的发回重审。此次修改采纳了这一建议，在修正后刑事诉讼法第二百二十六条增加规定：“第二审人民法院发回原审人民法院重新审判的案件，除有新的犯罪事实，人民检察院补充起诉的以外，原审人民法院也不得加重被告人的刑罚。”
理解和具体适用该新增内容时，要注意以下几点：
1.原审法院重新审判的案件，只有在“新的犯罪事实”和“人民检察院补充起诉”两个条件同时具备时，才能够加重被告人的刑罚。“新的犯罪事实”是指原审法院在发回重审前的判决中没有认定的事实，包括之前的漏罪和所犯的新罪。“人民检察院补充起诉”是指人民检察院在发回重审前指控的犯罪事实的基础上，又增加指控了新的犯罪事实，以及变更原指控事实的情况，但不包括未改变事实，仅补充新证据的情况。2.我们认为，以下情形，均不得加重被告人的刑罚：（1）原审法院虽然在重新审判时认为有新的犯罪事实，但检察机关未补充起诉的。（2）虽然检察机关补充起诉了新的犯罪事实，但原审法院重新审判时对新的犯罪事实未予认定的。（3）因程序违法发回，原审法院重新审判后没有增加新的事实的。
