一是重置管辖制度。管辖制度的改革一般作为设立行政法院制度的后备之选，虽不如意，但却有实践较为成熟的优势。最高人民法院曾经通过管辖的司法解释，特别是通过提级管辖、交叉管辖的方式解决地方保护的问题。学术界对此有“治标不治本”、“权宜之计”的评价。重置管辖制度既可以采取增加相对人选择管辖的方式，亦可以采取取消基层法院一审管辖权，在中级人民法院之下设立若干专门行政法院的方式。破除了80%的地方干预，我们也可以期待80%的司法公正。
二是完善证据制度。最高人民法院针对行政诉讼证据制定的司法解释，被学术界和实务界认为弥补了行政诉讼法证据现有规定，许多相应规定应当上升为法律。《行政诉讼法》是保障公民权利的法律，对于证据的规定应当侧重保障公民权益，注重在举证责任、质证和认证方面的司法保护；根据我国行政权力极度膨胀的现实，设置对行政行为证据的严格审查和有效监控。
三是强化受理程序。目前对于行政案件实行立审分离制度，立案机构和审判机构对于受理条件的认识存在把握不一致的问题，对于案件审理造成了人为障碍。民事案件和刑事案件基本上不存在受理的问题。而行政案件的专业性很强，对于受理条件把握本身就是行政诉讼的重大问题。因此，在整体上保留立审分离的基础上，由行政审判庭审查立案成为当务之急。如果上述方案不能实现，则可以设置在立案程序中的立案登记、出具收据等程序，加强对行政案件立案的监督。
其他程序，诸如增加和解程序、简易程序、行政领导人出庭应诉、暂时权利保护程序等，学术界探讨已经很多，不再赘述。
六、改革谦抑的法官权力，实现有效司法监督
《行政诉讼法》赋予行政法官的权力从性质上讲，是一种审查的权力，并非解决行政纠纷的权力。《行政诉讼法》明确规定，人民法院对行政行为的合法性进行审查。这一规定的逻辑结论或者直接后果是，人民法院只对行政行为的合法性进行审查，对于诉讼请求以及行政行为的合理性不进行审查或者不单独进行审查。行政行为的合法性来源于法律和法规，间接的来源还有依照法律法规制定的规范性文件。行政机关和人民法院适用的是同一法律法规，正因为如此，有的观点认为，行政机关执法是“第一次法律适用”，而人民法院是“第二次法律适用”，法院的司法审查类似于诉讼程序中的“上诉审”。这种认识实际上将人民法院的审判活动等同于简单的“审查”活动。法院只能就行政行为的合法性进行审查，对于其他事项，无论是否与解决行政争议相关，均无权置喙。
这种思路也突出地反映在人民法院作出行政裁判的方式上。《行政诉讼法》第54条针对的均为“具体行政行为”，主语均为“具体行政行为”。《行政诉讼法》针对行政行为的不同样态，课以法院应当作出何种类型裁判的司法义务。原告的诉讼请求如果属于行政行为合法性以外的请求，法院也不能作出裁判，因为法律对此没有规定。行政诉讼法对于裁判方式的规定，从形式上看，是对人民法院的授权，实质上是对人民法院的限制。反观《民事诉讼法》、《刑事诉讼法》，均无对人民法院裁判方式分类的具体规定。根据“明示其一则排除其余”的法理，人民法院不能作出维持判决、撤销判决、履行判决和变更判决之外的其他判决。在解决行政纠纷方面，《行政诉讼法》对于法官的权力过于收紧，法官在审理案件时，一般严格地、自我约束地对行政行为进行审查，对于原告诉求不是不关注，而是无权关注。可以说，法官的谦抑来源于法律的限制，而谦抑在某种程度上导致了无法实质性解决行政争议。
