从犯罪构成上来看，本罪与背信运用受托财产罪的区别在于：
其一，两罪的客观行为表现不同。本罪是违反国家相关规定运用社会保障基金、住房公积金以及其它一些公众资金的行为，而背信运用受托财产罪则是违背受托义务，擅自运用客户资金以及其他委托、信托的财产的行为。此外，背信运用受托财产罪中的“违背受托义务”，不仅仅只是局限于违背委托人与受托人之间具体约定的义务，还包括违背法律、行政法规、部门规章规定的法定义务，但委托人与受托人之间具体约定的义务在本罪中则是不存在的。
其二，两罪的犯罪主体不同。本罪的犯罪主体主要是社会保障基金管理机构、住房公积金管理机构等公众资金管理机构，以及保险公司、保险资产管理公司、证券投资基金管理公司中直接负责的主管人员和其他直接责任人员，而背信运用受托财产罪的主体则主要是商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货经纪公司、保险公司或者其他金融机构。前者是自然人犯罪主体，后者则是单位犯罪主体。此外，值得注意的是，如果保险公司、保险资产管理公司、证券投资基金管理公司等金融机构，违背受托义务，擅自运用除公众资金以外的客户资金或其他委托、信托的财产，应当对相关单位以背信运用受托财产罪认定，对相关单位判处罚金，并同时对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处相应的刑罚。但如果保险公司、保险资产管理公司、证券投资基金管理公司等金融机构，违反国家规定，运用社会保障基金、住房公积金以及其他一些公众资金，则应对相关单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员以违法运用资金罪认定，且不应追究相关单位的刑事责任。
（二）本罪与挪用类犯罪的界限
本罪与挪用类犯罪的共同点在于客观上均有“用”资金的行为。本罪主要表现为社会保障基金管理机构、住房公积金管理机构等公众资金管理机构，以及保险公司、保险资产管理公司、证券投资基金管理公司等金融机构中直接负责的主管人员和其他直接责任人员违反国家规定，擅自运用社会保障基金、住房公积金以及其它一些公众资金的行为；挪用类犯罪则主要表现为相关单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用单位资金归个人使用的行为。但从其本质以及犯罪构成上来看，两者的区别在于：
第一，本罪与挪用类犯罪的本质及行为结构是不同的。刑法将本罪与背信运用受托财产罪规定在同一条款中，正是因为本罪与背信运用受托财产罪均属于一般意义上的背信类犯罪，背信运用受托财产罪中相关单位违背的是基于客户的委托而产生的信任关系，本罪中行为人违背的则是法律规定的诚实处理公众资金的义务。理论上通常认为，背信类犯罪共同的本质在于：行为人都违背了基于他人的委托而产生的信任关系和诚实处理他人事务的义务，从而对他人的财产造成了损害。其行为结构均是：为他人处理事务的自然人或者单位——实施违背受托义务或者国家相关规定的行为——造成他人财产上的损害。[8]而挪用类犯罪共同的本质则在于：行为人利用职务上的便利，挪用单位资金归个人使用，从而对单位的财产造成了损害。其行为结构则是：单位中具有“职务便利”的人员——利用职务上的便利，实施挪用单位资金归个人使用的行为——造成单位的损失。由此可见，本罪与挪用类犯罪在本质上最大的区别在于：本罪中存在“背信”的行为，而挪用类犯罪中不存在“背信”的行为。
第二，本罪与挪用类犯罪在犯罪构成上也是不同的。本罪与挪用类犯罪在犯罪构成上具有以下几点区别：首先，犯罪对象不同。本罪的犯罪对象是社会保障金、住房公积金、保险资金、证券投资基金以及其他一些公众资金。而挪用类犯罪的对象是单位的资金和款项。其次，构成挪用类犯罪必须具备“挪用资金归个人使用”的要件，而构成本罪则无需具备该要件。如果社会保障基金管理机构、住房公积金管理机构等公众资金管理机构，以及保险公司、保险资产管理公司、证券投资基金管理公司等金融机构中直接负责的主管人员和其他直接责任人员利用职务上的便利，私自决定将社会保障金、住房公积金、保险资金、证券投资基金以及其他一些公众资金挪给本人自用或挪给其他自然人使用，或者以个人名义将社会保障金、住房公积金、保险资金、证券投资基金以及其他一些公众资金借给其他个人或单位使用，按照最高人民法院《关于如何理解刑法第272条规定的“挪用本单位资金归个人使用或借贷给他人”问题的批复》和《全国人大常委会关于<中华人民共和国刑法>第384条第一款的解释》，应以挪用资金罪或挪用公款罪论处。但是如果社会保障基金管理机构、住房公积金管理机构等公众资金管理机构，以及保险公司、保险资产管理公司、证券投资基金管理公司等金融机构中直接负责的主管人员和其他直接责任人员属于国家工作人员，且其以单位名义挪用本单位资金给其他单位使用的，如何处理则要区分两种情形：如果行为人是出于“个人决定”且“谋取个人利益”的，则构成挪用公款罪；如果不是谋取个人利益的，则应以本罪论处。再次，挪用类犯罪对于资金被挪用后的具体用途以及使用时间长短等内容有着严格的限制，而本罪为独立的罪名，并非挪用类犯罪的注意规定，故本罪中行为人运用公众资金的情况对于资金被运用后的具体用途以及使用时间长短等内容并无特别要求。最后，挪用类犯罪成立条件之一的“利用职务上的便利” 与本罪成立条件之一的“违反国家规定”是不同的。只要有相关的国家规定存在，即便是没有任何“职务便利”的人员也可能“违反国家规定”。而“利用职务上的便利”则不以“违反国家规定”为前提，行为人只要具有职务，就可以“利用职务上的便利”。
