二是被告人实质上没有适用认罪程序的选择权。被告人对认罪程序的选择权直接来源于程序主体性原则，即当事人有处分自己实体权利和程序权利。因为适用简易程序和普通程序简化审是一种会使被告人权利受到限制，并可能导致被告人受到有罪判决的特殊程序。对于这样一种使自己明显不利的程序，如果不是被告人自己选择，而是被迫承受的，那么被告人也将很难接受诉讼的结果。而一旦赋予被告人选择权，那么无论该程序会给被告人带来什么样的后果，他可能都会对这一种自由选择的结果心甘情愿地接受。
其次，“普通程序简化审”在程序设计上也存在着一些重大缺陷，直接导致其功能与价值不能得到充分的发挥。
一是简而失“度”。诚然，程序简化大大提高了诉讼效率，但是若过度简化则可能与其设计初衷背道而驰，甚至将违反法律的基本原则。在司法实践中，“简化审”实行伊始，一切从“简”成为办案部门的主导思想。例如，在简化审程序的示证、质证环节，公诉人通过讯问，认为犯罪嫌疑人的供述与其他证据相印证程度非常高时，往往对所有证据一并概括举证，仅指出犯罪的时间、地点、事实情节等相关内容，有时候仅用两三句话就予以概括。这样一来，由于被告人法律知识不足，他在庭审中对证据及相关事实的证明过程并不十分清楚，没有真正了解事实认定和法律适用情况，以至于对裁判过程及其结果难以认同，往往在庭审后因不服判决而提出上诉。本来在一审中就可以彻底解决的问题，被拖延至二审处理，造成了诉讼程序该简而不简，浪费了司法资源，也没有取得应有的法律效果，不利于对有罪被告人的改造。
二是程序失“范”。普通程序简化审在适用中的一个重要问题就是随意性较强。在司法实践中，犯罪嫌疑人在公安机关的侦查阶段往往是认罪的；但到了检察机关的审查起诉阶段，犯罪嫌疑人往往存有侥幸心理，因而翻供较多；到了庭审时，又出于畏罪心理主动认罪。这一“认罪—抵抗—认罪”的模式在基层检察院公诉过程中屡见不鲜，有些公诉人往往基于犯罪嫌疑人供述的这种变化，以普通程序提起公诉，但在庭审过程中却又采取“简化审”的模式，造成适用诉讼程序的随意性，以至于许多依普通程序审理的案件，并没有严格遵循法定的审理程序，而在许多方面已经等同于“简化审”了，少数案件的庭审甚至比“简化审”还简化，仅用短短的十几分钟就审理完毕，不仅严重损害了被告人合法的诉讼权利，而且也根本达不到庭审的法律效果和社会效果。
（四）相关配套制度不完善，难以保证犯罪嫌疑人、被告人认罪的自愿性
犯罪嫌疑人、被告人自愿认罪是适用认罪特别程序的前提。如果犯罪嫌疑人、被告人认罪的自愿性得不到充分的保障，那么，认罪案件办理程序就会失去其应有的价值，相反，还可能导致司法的不公正。根据我国现行《刑事诉讼法》的规定和刑事政策的要求，犯罪嫌疑人、被告人有如实供述的义务，而没有沉默权或不被强迫自证其罪的权利；虽然立法明确禁止非法取证，但并未规定非法证据排除规则；犯罪嫌疑人、被告人的辩护权以及辩护人的辩护权在立法和实践中也受到各种限制。由于这些制度性的缺陷，加之多数犯罪嫌疑人、被告人在候审过程中被羁押，以及司法操作层面尚存在刑讯逼供等违法或不规范的情形，犯罪嫌疑人、被告人认罪的自愿性很难得到有效的保证{10}。
三、我国认罪案件办理机制的完善
认罪案件的办理机制是由一系列相互紧密联系的次级机制组成的体系，包括确认机制、快速办理机制、激励机制和弹劾机制4个方面的内容。在对我国认罪案件办理机制加以完善时，不能仅将视角局限于刑事诉讼的某个阶段或某个方面，而应按照刑事诉讼的一般规律，作系统性的思考与安排。
