1959年4月，受“反右”斗争扩大化的影响，以“司法改革已经基本完成，各级人民法院已经健全，人民法院的干部已经充实和加强，司法部已无单独设立必要”为理由，司法部被撤销，其所辖工作交由最高法院管理。[2]（P50－53）在此前后，各地司法厅（局）也被撤销。历史不容假设；但如果没有错误地撤销司法部、厅（局），随着国家政权建设由上而下的逐步推进，很有可能会将将审判与司法行政“分立”的制度贯彻到基层。遗憾的是，历史最终将中国法院引入了审判与司法行政“合一制”的轨道，并为今后司法审判在运作、管理、监督等环节产生的一系列问题埋下了伏笔。
司法部、厅（局）被撤销以后，其掌管的司法行政事务一并交由法院负责。文革开始后，各级法院先后由军管委（会）接管，法院组织及各项工作均遭到严重破坏。1972年以后，各地法院逐渐结束军事管制，恢复组织机构建设，并沿袭了文革前的做法，在重建审判职能部门的同时也设立司法行政机构。因其时司法行政机关尚未恢复，包括公证、律师、人民调解、法制宣传等广义上的司法行政工作也均由法院负责。鉴于司法行政工作事务庞杂，而法院的组织机构建设还很落后，1979年6月中央政法领导小组向中共中央报送《关于恢复司法部机构的建议》，提出：“人民法院是国家的审判机关，担负着行使审判权的重任，它不适宜并且也确实难以兼顾上述各项工作（指广义的司法行政工作——笔者注）。”同年9月，第五届人大常委会第十一次会议决定设立司法部，10月中共中央、国务院下发“迅速建立地方司法行政机关的通知”。（注：《中共中央、国务院关于迅速建立地方行政司法机关的通知》（中发〔1979〕77号）。）而在稍早前（1979年7月）通过的新《法院组织法》延续了1954年法院组织法的规定，为此项机构及工作调整奠定了法律基础。新组织法规定，基层法院审判与行政“合一”而基层以上由法院和司法行政机关分别负责（第17条、22条）；各级法院的设置、人员编制和办公机构由司法行政机关另行规定（第42条）。
但颇为有趣的是，1982年5月司法部党组向中共中央报送《关于司法部的任务和工作机构改革的请示报告》，其中建议法院的司法行政工作交法院自行管理。1982年8月，最高法院与司法部联合下发通知，要求司法部主管的与法院相关的司法行政工作移交最高法院管理，各省级司法厅（局） 管理的同类工作移交各高级法院管理。（注：具体内容包括“司法部主管的审批地方各级人民法院、各类专门人民法院的设置、变更、撤销，拟定人民法院的办公机构、人员编制，协同法院建立各项审判制度，任免助理审判员以及管理人民法院的物资装备（如囚车、枪枝、司法人员服装等）、司法业务费等有关司法行政工作事项”。《司法部、最高人民法院关于司法厅（局）主管的部分任务移交给高级人民法院主管的通知》（（82）司发办字第218号）；《司法部关于报送＜我国司法行政体制的历史沿革＞的函》（司发函〔2003〕158号）。）于是，在中央和省级层面上审判与司法行政的“分立”又回归“合一”，而县级司法行政机关由于建设缓慢，尚来不及对基层法院的司法行政工作产生实际影响。笔者没有发现说明司法部党组移交相关职权原因的材料，但推测应该与司法部刚刚重建，组织建设很不健全，（注：如到1979年底，全国司法行政部门调进的工作人员仅占全国组织工作座谈会上布置数的6．4%，各省司法厅（局）也面临人手少、质量弱，没有专责的下级工作机构和人员，许多工作无法进行等问题。《国务院批转司法部关于迅速建立省属市（地区）、县司法行政机构的请示报告》（国发〔1980〕190号）。）没有能力管理好法院的司法行政工作，而最高法院及地方各级法院恢复工作及建制较早，并在复查纠正“冤、假、错”案中作出重大贡献，（注：参见何兰阶、鲁明健主编：《当代中国的审判工作（上）》，当代中国出版社1993年版，第144－153页；何永军：《断裂与延续：人民法院建设（1978－2005）》，中国社会科学出版社2008年版，第37－38、70－78页。）已非司法行政机关所能驾驭有关。
