（四）对渎侦办案人员进行通才管理模式的现状，难以适应认定渎职侵权犯罪因果关系复杂性的及其认定水平的提高。目前，根据现行刑法，检察机关有权立案管辖的渎职侵权犯罪共有42个罪名。这么多罪名涉及到各种类别的国家机关管理及其内部的管理规则，情况非常复杂，并且分类专业化程度较高，要认定有关部门的行为人是否构成犯罪，既要考虑到国家统一的法律规定，又要考虑到其职能部门的内部专业化规定。因此，对有关部门的职能及其运行状况如果不熟悉，要想及时发现和认定渎职侵权犯罪因果关系非常困难。但是，检察机关对反渎职侵权办案人员实行通才式管理模式，导致渎职侵权办案人员对渎职侵权犯罪分类了解不足，特别是对房地产、税务、金融、海关、招投标等领域知识及其规章掌握不深，一定程度上影响了渎职侵权犯罪因果关系认定水平的提高。
（五）由于渎职侵权犯罪大都涉及敏感岗位及敏感人员，在依法认定其因果关系时往往会有来自权力及人情的干扰。通过调研发现，渎职侵权案件几乎95％以上的案件都有来自权力或者人情方面的干扰，成为影响渎职侵权案件办理的严重障碍之一，这种情况同样出现在依法认定渎职侵权因果关系上。有的权力部门或人员以行为人是工作失误为由否认行为人的渎职侵权行为与危害结果具有刑法意义上的因果关系；有的部门或人员以行为人是纯粹为了工作或是好心而否认行为人的渎职侵权行为与危害结果之间具有刑法意义上的因果关系；有的权力部门或人员则以所谓的“全国普遍都这样”为由，反对认定存在因果关系等等。在一定程度上，影响了办案部门对渎职侵权犯罪因果关系的依法正确认定。
（六）由于“间接经济损失”认定标准不好掌握，致使反渎职侵权司法实践很少将其纳入渎职侵权犯罪的危害结果去考量。在我们所调研的渎职侵权犯罪案件中，没有一起渎职侵权犯罪案件将“间接经济损失”作为“渎职侵权犯罪”危害结果的。产生这一问题的原因在于，认定渎职侵权犯罪造成的“间接经济损失”标准及其程度的法律、法规和司法解释规定不明确，难以把握；间接经济损失由谁认定才具有法律效力也无相应具体规定。这种情况下，如果在办案实践中认定渎职侵权犯罪造成“间接经济损失”，必然会给办案带来证明风险和困难。
