在亲子关系诉讼中，亲子关系的解明受制于两大关键因素，一是生物学上的亲子血缘关系是否能够得到确定，二是真实发现以外的利益的保护。前者涉及的是，能否有效地利用科学鉴定技术证明生物学上的亲子血缘关系。由于现代DNA技术的盖然性已几近百分之百，从而问题一可以得到有效地解决。从追求血统真实出发，若是鉴定与诉讼争点具有关联性、重要性及有效性时，法院就应当启动鉴定程序。但若是过分执着于血统真实主义，追求法律亲子关系与事实亲子关系的完全一致，则不仅有侵害当事人隐私权(DNA检测揭示了受检人的诸多个体资讯)和子女利益之虞（注：比如，子已由法律上的父亲抚养多年，且二人已发展出良好的感情并有继续共同生活的强烈意愿，则即使子的生物学上的父亲提起否认亲子关系之诉，但这时进行亲子鉴定就很可能有害于子。在这方面，法国法运用“身份占用”和“时效”两项制度有效地调和了身份关系的真实性与安定性之间的矛盾。参见邓学仁:《迈入新世纪之亲属法》，《月旦法学杂志》，2000年7月第62期，第78－80页。），也使国家负担过重。从而在尊重血统真实的前提下，亦应当考虑子女利益、被检人身体的完整性、个人资讯的保护以及身份关系安定性的维护。因此，在合目的性上，是否进行亲子鉴定，应当本着平衡保护各方利益的原则，以必要性(必要且不可或缺)为限，如法官可以经由其他间接证据获得心证，就没有必要进行鉴定;在具体的手段上，应贯彻比例原则，要以达成解明亲子关系这一目的的“必要且最小”的限度为界限，也即对于被检人的侵害应当尽可能的小，比如以毛发作为检材足敷使用时就不应抽血进行鉴定。
在亲子关系诉讼制度的发展过程中，随着社会的发展，各国司法机关渐次由注重保护夫或妻的利益转向保护未成年子女的利益，如美国纽泽西州最高法院在1950年的Anthony v．Anthony案件中判决道:血型检查命令系为保护子女的权利，并不会侵害受检当事人的隐私权（注：相反，亲子鉴定有时还可以保护当事人的隐私，如在可能暴露诸如性无能等当事人的隐私时，DNA鉴定可作为回避发掘当事人隐私的手段。），确立了子女利益优先于当事人隐私权的原则。在德国，经由1989年联邦宪法法院的一项判决(FamRZ 1989，255;NJW 1989，891，881 Bespre-chung Enders)，发展出“血统认识权”的概念，亦即子女有知道自己血统的权利。该项判决并将血统认识权置于宪法层次，认为其属于一般人格权的组成部分:出身为构成个性的诸要素之一，它不仅规定了个人的遗传性形质，而且对个人对于同一性(identity)的发现及自己理解亦占有决定性的地位，确立子女的血统认识权除了有利于子女人格的健全发展以外，还可以藉此实现子女对于生父的抚养和继承请求权。[10]43
虽然“子女最佳利益”已于1959年由《儿童权利宣言》确立为一项国际准则，但它仅为一模糊的价值判断，为求具体化，可以将其概括为积极事由、消极事由及其他事由三大类。积极事由包括监护人的监护能力和监护意愿、未成年子女接受养育环境的继续性和适应性以及儿童的意愿等，消极事由包括监护人的不当行为，而其他事由包括兄弟姐妹的共同相处和宗教、种族的异同等。[11]而在立法上，各国纷纷运用“子女最佳利益”这一不确定法律概念，赋予法院限制亲子鉴定的裁量权限，以在不同的情形下周全地保护子女的利益。除了以上目的论上的限制外，作为证据方法的亲子鉴定本身也存在不足。比如，生母主张受胎期间曾与甲、乙两名男子均发生过性关系，但二人均拒绝接受鉴定，如果这时法院以拟制真实的方式处理，则二人均成为生父。又假设此二人为同源兄弟，即使鉴定得以顺利进行，但现行鉴定技术却无法有效地排除其中一人;而如果二人系同卵双生子，由于二人的DNA序列完全一致，更是无法排除。由此可知，亲子鉴定虽属解明亲子关系的重要证据方法，但并非唯一的方法。事实上，日本的亲子关系诉讼中仅有约一成的案件进行亲子鉴定。[12]292从而法官不可过分倚赖亲子鉴定，而应积极地收集、运用其他证据方法。
(二)程序层面的考量
亲子鉴定程序的启动多数情形下由原告向法院提出申请，个人一般不得直接委托，否则即可能受到处罚，如根据法国1994年生命伦理法，DNA鉴定仅得在裁判程序以及为医学研究目的始能进行，并且个人不得自由委托DNA鉴定，否则予以刑事处罚(法国新《刑法典》第226条之28);此外，除美国外，其他国家均规定法院亦得依职权提起。
由于亲子鉴定可能造成当事人或第三人的不利益，故而原告的鉴定申请应当具备一定的要件。以夫所提起的否认婚生子女之诉为例，由于否认婚生子女之诉以子女推定为婚生为前提，而婚生推定的要件有四:(1)妻之生产;(2)藉由夫使妻受胎;(3)受胎时间处于婚姻之中;(4)妻在一定期间内生产。婚生推定制度基于一夫一妻制下，婚姻存续期间夫妻之间通常具有排他的性关系这一经验性事实，从外观的事实来构筑安定的身份关系的制度，以保护子女的利益。[13]117婚生推定不是单纯的事实推定，而是特殊的法律推定，其推定力不得轻易被推翻，以强化婚生子女的保护。从而如果夫怀疑其妻可能与第三人有染，如指陈其妻与第三人手挽手在街上散步，但没有提出任何具体的事证，则法官不应当同意这种仅基于单纯怀疑的鉴定申请，否则便可能导致人们任意利用这种摸索证明以刺探他人资讯，并且致使婚生推定制度名存实亡。但若夫提出了推翻婚生推定的具体事由，如主张其妻在受胎期间曾与张三发生过性关系，并且提出了证人李四，则即使婚生推定的四个要件均能得到满足（注：由于实行推定，即以要件4推定要件3存在，再经由要件3推定要件2的存在。因此，实际上只需满足要件1和4即可进行婚生推定。参见宮崎幹郎:《嫡出推定規定の意義と問題點》，有地亨編:《現代家族法の諸問題》[1989]，弘文堂，第261页．），法官也可形成否定婚生推定的暂时性心证，而命令进行亲子鉴定，如果子女已满16周岁，还须取得该子女的同意。在要件的审理上，虽然排除婚生推定是否认亲子关系之诉的诉讼要件，应当与本案审理(父子关系是否存在)相互分离，在法官经过审理确定诉讼要件已经具备之后始能进行本案审理。但在诉讼实践中诉讼要件的审理与本案的审理往往是并行进行的。[14]2－4因此，以当事人是否提出了具体事证作为法官判断是否进行亲子鉴定的标准较为合适。至于法院依职权提起的亲子鉴定，其考量因素与原告申请者大致相同。
