(三)监督力度薄弱，监而不督现象普遍存在
对公安机关缺少有效的制约机制。从退查实施效果来看，不存在任何有效的监督机制来监督补充侦查。法律没有赋予检察机关以强硬措施来约束侦查机关补查的权力。对于公诉部门提出的退补提纲的要求，侦查机关大多以情况说明作为补充侦查报告，很多案件在补侦报告中以一句“现无法查实”结束。有些案件通过两次或两次以上退回补充侦查之后便不了了之。
三、退回补充侦查制度的完善
(一)明确退补条件，区分检察机关自行侦查和退回补充侦查的情况
检察机关必须坚持退回补充侦查必要性原则，在自己难以完成补充侦查任务或交由侦查机关完成更有利诉讼时，才能退回补充侦查。
鉴于退回补充侦查的情况很多，建议检察机关应当自行补充侦查的情形为：1.案件主要事实已经查清，主要证据确实，仅需要查明个别事实或情节或证明材料。2.需要补充侦查的事项简单，补充的证据容易收集。3.经过一次退回补充侦查后，公安机关补充侦查未达到检察机关要求并且检察机关能够补充侦查的。4.公安机关在侦查过程中存在严重违法行为，不适宜由其补充侦查的。这样可以明确划分公安机关和检察机关之间的分工，有效节省诉讼资源，防止隐形超期羁押现象的出现，从而保护犯罪嫌疑人的权利。
(二)建立侦查和公诉部门的内部制约机制
首先，侦查机关应将退补率纳入对侦查人员的年终考核测评。由公诉部门根据侦查人员的办案质量出具考核意见书以作为约束机制来监督侦查机关在侦破案件过程中的侦查质量。公诉部门的考核意见书有如下标准：第一，侦查人员在原侦查活动中对于应当侦破的证据是否收集齐全，证据链条是否完整。第二，经过退回补充侦查的案件，根据侦查机关的补充侦查情况来出具意见。根据这些标准，公诉部门按补充侦查是否到位，是否按照退补提纲要求来补充侦查，对于二次退回补充侦查的案件是否出现同样的问题等情况来出具意见。由于侦查机关办案人员的原因造成多次补充侦查，影响案件质量的，要建议对侦查人员进行通报，反之要建议给予表彰和奖励；以督促侦查机关把办案能力作为侦查人员提职晋级、年终考核的依据，不定期地召开侦查和起诉部门联席会议，并对一定时期内出现的补查问题进行探讨，统一认识，约束侦查机关的侦查行为。
其次，对于检察机关内部也应建立起约束机制，严格按照证据的证明标准审查，一是对于应当属于公诉部门自行侦查的情况，要自行侦查，节约诉讼资源；二是对于侦查环节不完整或侦查方式不当，应当退回补充侦查的，慎重运用退查权；三是公诉部门要建立和完善刑事退查案件审批机制和通报监督机制，公诉部门退补案件，需由承办人提出退查报告并提出书面退查提纲，并经部门负责人同意报主管检察长决定；四是公诉部门要制作详细的退回补充侦查提纲，说明补充侦查的事项、理由和目的。抓住“缺什么、做什么、怎么做”这三要素。对写入补充侦查提纲的内容要进行甄选、思考；五是对人为造成二次退回补充侦查或第一次应提出补查而未提出的检察人员也要进行批评。
