（一）“特权文化”心理引发的困境
中国社会的特权文化，是费孝通在《乡土中国》中提出的最具洞察力的理论概念之一。对于特权文化，费老提出的“水波纹”理论“以己为中心别亲疏”是中国社会结构的特权文化圈。在这个圈中，最高统治者为中心，个人裹挟于社会分层之中。司法活动也离不开“特权文化圈”的背景。这里所谓的特权指正式规则之外的、经由非正义途径而获得的各种优选权或垄断权，“关系社会”也是这种“特权文化圈”的变种。正是这种“特权文化圈”将陌生人关系转变为熟人关系，伤害了现代社会的许多秩序，包括法律秩序。现代社会是以陌生人关系机制为主的，但是“特权文化圈”保证了将陌生人不断转化为熟人，进而推行“熟人规则”。这种传统社会心理对正常的司法活动构成了严重的冲突，是中国传统法律文化对司法和谐最大的影响因素之一。
（二）泛行政化的权力结构引发的困境
司法机关目前的组织机构、职权划分、管理体制、工作程序和人员组成，充分体现了高度行政化的特征，比如，法院和检察院系统就是按照行政体制的结构和运作模式来构建的，从而加剧了司法机关对行政机关的依赖和附属，不利于司法独立地展开司法活动。[1]行政化倾向不仅表现在司法结构方面，也表面在司法过程中。如最高法院在死刑复核方式上一直采取非诉讼化的复核方式，刑事法官对第一审和第二审程序，习惯于一种非正式的书面裁判活动，并由此引发了上行下效。在许多刑事案件审判中，从法院管辖问题的解决，合议庭成员的确定，庭审时间的确定，一直到简易程序的选择，庭前证据展示的进行，几乎都是由法官通过秘密方式自行做出的，而不允许控辩双方参与这些事项的裁决过程。即便控辩双方对某一程序问题提出异议，特别是对对方的证据能力提出合理质疑时，法官照样安之若素，不安排由控辩双方共同参与的审判听证程序，从而在这些事项的裁决上有不受限制的裁量权。[2]
这种非诉讼化的司法裁判活动，本质上剥夺了控辩双方同时参与法庭审判过程的机会，使得控辩双方难以通过行使诉权对法院裁判施加有效的影响，不利于实现司法公正，甚至成为促成冤假错案的一个重要因素，至少关闭了防止冤假错案的最后一扇大门。另外，作为司法泛行政化的表现之一，司法机关的地方化管理严重制约着司法和谐的实现。司法管辖区域与地方党委、地方行政机关的管理区域完全重合，司法的人、财、物受党政机关制约，强化了司法权的地方化。
