与反公地悲剧理论强调的、因权利碎片化和权利人之间协调困难所导致的资源有效利用不足所不同的是，专利丛林理论所关注的是现有权利在保护范围上的重合性，它描述了不同专利之间因平行重迭而产生的问题。[10]专利保护的范围常常宽于发明人实际制造出来的产品。多项专利同时涵盖同一技术领域，有时是专利制度有意而为的结果，有时是因为专利审查部门经常颁发一些过宽权利要求的专利或者仅与现有技术稍有区别的专利。与反公地悲剧理论类似，专利丛林理论揭示了在最终产品上具有多个专利权的产业，所有人都难以合法生产出最终产品。因而，该理论认为专利法应该允许快速、方便的权利清算制度。这点与它的孪生兄弟———反公地悲剧理论不同，后者强调的是限制专利权利范围。
在有些经济学家看来，反公地悲剧和丛林理论都是指涉专利权的碎片化(fragmentation of patentrights)。概括起来，上述观点就是:所有权碎片化越明显，交易成本就越高，交易延滞的时间就越长，达不成交易的风险就越大。尽管反公地悲剧理论和专利丛林理论揭露了大量专利所形成的专利组合可能对竞争产品的市场形成产生阻碍，而且，在生物科技和半导体等产业领域，这些理论确实揭示了问题的本质所在。[10]但是，事实上，经验分析表明:绝大多数的专利未曾被许可，也未曾在诉讼中予以主张。其次，“尽管这些观点非常迷人，但很少能得到实证证据的特别支持。对生物医药产业的调查表明，没有几个案件造成了研究工具许可和材料转让协议谈判中的延滞或失败。最近，李奇曼(Lichtman)的研究……表明，互相重迭的专利权实际上为交易谈判提供了便利，加快了技术扩散的速度”，而不是相反。这也同样在专利诉讼实证研究中得到验证。即，当专利权碎片化和专利诉讼产出结果确定性较为明显时，交易更易于快速达成。[11]因为大量的专利权获取并非是因为其持有者均采取进攻性的经营策略，而是出于防卫性目标。第三，用于进攻性的专利权并不等同于专利权的质量可疑或价值低微。相反，如下文所指出的，它们往往是高质量、高价值的专利权。
事实上，由大量专利权所形成的专利组合，它们既是竞争者的“防卫之盾”，也是其“进攻之矛”。这两方面并非泾渭分明，在本质上具有“一体两面”之特征。很多企业不仅将其专利组合作为和其竞争者进行交叉许可的依据，并以此来保障自己的营业自由；同时，它们也常常对竞争者提出专利侵权诉讼，或者进行专利许可，以获取较高的创新回报。对于有些企业来说，进攻性的专利策略带来了实质性的利润。比如，通用电气公司就是典型的例子。[2]它既利用专利组合来保障自己的营业自由不受竞争者干扰，还专门设立了“贸易与许可部”来执行专利权许可策略，其基本做法是，将诸如消费电子产品等尚未进入市场的技术予以许可，其2008年获得的许可费高达2亿9千1百万美元。不仅如此，它还针对非属其核心商业范围的市场参与者积极提起专利侵权之诉，例如对联想(Lenovo)集团modem和MPEG－2技术提出的侵权之诉。因此，防卫性专利可以用于进攻；而进攻性专利也可以起到防卫的功效。[2]
专利组合理论的主张者认为，专利组合的核心在于“整体优越于部分的总和”，它不仅是专利竞赛中的防卫武器，也是进攻武器。首先，通过对许多密切相关的专利排他权进行组合，专利组合大大增加了其能控制的有效范围(市场上受保护的整体范围)，从而超出了由不同专利集合所具有的有效范围。运作良好的专利组合就好比是超级专利，其规模效应使得持有人在特定市场上获得特别的市场力。[4]其次，专利组合还具有另一个同等重要的优势:多样性。专利组合由一系列不同但相关的单个专利组成，为权利人提供市场力之外的、财产多样性带来的诸多好处。例如，可以解决技术发展可能带来的不确定性；将研发的范围扩张到与主流研究路径相关的区域，从而实现技术机会最大化；增强权利人的排他权，使其具有长期的可预期性和可靠性。[4]
三、专利组合并非问题专利的组合
专利组合既可成为防卫之盾，也可作为进攻之矛。这是大量专利申请案得以形成的根本原因。据此，有学者做出了基本的预测:体现研发投入与专利产出的专利密集度将会持续升高，由此而会导致专利审查部门面临大量专利申请案的审查压力，专利丛林现象会持续扩大，专利诉讼会变得更为复杂和昂贵，大量的交叉许可和一般许可协议将成为普遍现象，单个专利的价值将会变得更为模糊乃至无关痛痒，由于维持大量的专利权需要较大的经济实力，最终，专利制度将越来越有利于大型的、财力雄厚的企业。[4]
