(二)补偿协议诉讼
《征收条例》第25条未像第14条和第26条规定那样，直接对补偿协议诉讼的性质作出规定，从而导致实践中就补偿协议诉讼究竟为民事诉讼还是行政诉讼产生了分歧，而这一分歧与对补偿协议的性质认定直接相关。概括而言，关于补偿协议的性质和补偿协议履行纠纷诉讼的性质，主要有以下四种观点：
观点之一主张，征收人与被征收人在补偿问题上更类似于平等的民事主体之间的关系，两者之间更宜通过自愿、协商的程序，而非单方、强制的方式形成补偿关系，因此，达成补偿协议后产生的纠纷，应属民事诉讼性质。[33]按照这种观点，征收补偿协议为民事合同，因其履行发生的纠纷为民事纠纷，当事人应提起民事诉讼。
观点之二认为，征收补偿协议的公共目的性、补偿主体的国家机关属性以及补偿款从公共财政中支付的属性，都决定了补偿协议的公共属性，因而补偿协议为行政合同。[34]按照这种观点，既然补偿协议为行政合同，因其履行发生的纠纷即为行政纠纷，当事人应提起行政诉讼。
观点之三为，虽然补偿协议属于行政合同的性质，但因其履行而提起的诉讼应为民事诉讼。理由主要有二：一是《征收条例》第25条规定的文意解释不符合行政诉讼的特征。在行政诉讼中，行政主体恒定为被告，而针对补偿协议，作为行政主体的征收部门亦可提起。二是相关司法解释已将典型的行政合同纳入民事诉讼范畴。如最高人民法院在《关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》中，已将由“土地使用权出让合同”这种典型的行政合同所引起的纠纷纳入民事诉讼范畴，并适用《合同法》的规定。[35]
观点之四是，虽然补偿协议在性质上为行政合同，但对其履行纠纷提起诉讼的性质，应依起诉一方的不同而不同。如果是房屋征收部门不履行补偿协议所确定的义务，或者履行的义务与补偿协议确定的不一致，那么被征收人由此向人民法院提起的诉讼，就是行政诉讼；如果是被征收人未履行补偿协议所确定的义务，房屋征收部门向人民法院提起的履约之诉，就是民事诉讼。[36]
关于以上四种观点，笔者不赞同第四种观点，因同一纠纷事实引发的诉讼，不能因提起诉讼的纠纷主体的不同而形成不同性质的诉讼，该观点于法理不合。笔者亦不赞同第三种观点，既然将补偿协议定性为行政合同，根据最高人民法院《关于规范行政案件案由的通知》的规定，行政合同纠纷属于行政案件的受案范围，那么作为行政合同纠纷的补偿协议纠纷就应属于行政诉讼；再者，土地使用权出让合同之所以被司法解释纳入民事诉讼范畴，是因为该类合同在性质上为民事合同，而并非所谓的“典型的行政合同”，以此为由因而是站不住脚的。笔者赞同第一种观点，主张补偿协议应定性为民事合同，因履行补偿协议而引发的诉讼纠纷为民事诉讼。一方面，从理论上说，补偿协议与补偿决定不同，它完全是房屋征收部门与被征收人之间在平等协商的基础上达成的，是平等自愿的结果，具备了民事合同的基本属性。另一方面，从司法实践上说，2011年4月1日起开始施行的最高人民法院《民事案件案由规定》，已将“房屋拆迁安置补偿合同纠纷”定性为民事纠纷，作为第三级案由置于“合同纠纷”二级案由之下。这一司法文件发布于2011年2月18日，在时间上后于《征收条例》开始施行的时间近一个月，没有理由表明最高人民法院在出台这一司法文件时未曾考虑《征收条例》第25条规定的补偿协议的性质。
(三)司法强制搬迁
《征收条例》顺应民意取消了行政强制拆迁，于第28条规定了司法强制搬迁，反映出民意对司法权威寄予了更强的信赖和更高的期待，一定程度上代表了征收法制的进步。这一制度转换，虽在一定程度上平抑了因不当行政强制拆迁带来的民愤，但却未必是一项“良法”。[37]因为仅有良好的制度设计而没有强有力的实施保障措施，难谓“良法”。强求人民法院一肩担当在过去由众多部门联合承担的强制搬迁重任，恐怕为人民法院难以承受之重。据笔者初步了解，在《征收条例》施行后的近一年时间里，各地针对补偿决定的司法强制执行工作基本上处于停滞状态。这一困局的造成，一方面有地方人民政府无视新法规定、无视人民法院权威的原因；另一方面也有人民法院推脱执行、无力执行的原因。《征收条例》“以民意之名”一举废除行政强制拆迁的做法，未免有为地方人民政府卸责之嫌。此种“立法归立法、执法归执法”的立法态度和立法模式，难谓妥当和科学。但根据“有法必依”的法治要求，既然司法强制搬迁制度已经确立，人民法院也就必须知难而进和勇担重任了。为此，笔者呼吁，最高人民法院应本着确保司法权威和保障顺利执行的目的，尽快出台司法解释，切实解决人民法院面临的“强迁难”问题。
