首先，我国的司法制度中并没有有关法院预审与审理分离的规定。法院行使批准逮捕权不能有效地避免不公正判决的出现。法官在先入为主的情况下可能会加重犯罪嫌疑人的刑罚，虽然这种判罚在法官自由裁量权的范围之内，但有些可能是不必要的。同时，国外行使批准逮捕权的法官是预审法官，不是真正审理案件的法官，可以避免先入为主状况的出现。但是我国制度上的缺乏决定了不能简单的将批准逮捕权移交给法院行使事了，需要从更深层次的制度方面着手解决。如学者指出，在西方司法体制下，由预审法官或治安法官行使批捕权是合理的、科学的；但在现行中国司法体制下，如果由法官来行使批捕权，则与现行中国法律体系会发生过多的冲突与矛盾，因此由检察官行使批捕权，在我国现阶段也具有合理性。这就形成了东西方法律体制在批捕权配置合理性上的冲突。[7]
其次，如果前述第一个障碍被突破，将批准逮捕权交由法院行使，则法官做出判断时必须对有关证据进行实质性审查。这表明法官在审理案件之前已经通盘接触了与案件审理有关的文书、证据，在心中形成了一定的预判断，之后签发的逮捕令则可能使这种预判断演变为一种预判决。那么庭审上公诉方与犯罪嫌疑人及其辩护律师的对抗是否成为一种表明意义的程序？这种对犯罪嫌疑人实体权利进行侵犯(即法官内心一定程度的偏见而导致的刑罚加重可能性)后再对其程序权利加以蹂躏的制度是否还能发出公正的声音？
再次，如果通过设置预审批捕庭的方式解决了上述的第二个障碍，接下来却又会发现，具体签发逮捕令的法官可能会存在抵触的心理。现行制度下，具体行使批准逮捕权、签发逮捕令的检察官需要通过检察长的把关，而法院发出法律文书只需通过业务庭长及主管副院长的签字，无需上报至院长。国家赔偿制度使得错案追究会让法院承担赔偿责任，相关法官也会受到法院内部管理制度的惩戒。在这种情况之下，法官在行使批准逮捕权时会相当谨慎，甚至在可批可不批的情况下选择不批来逃避将来可能的错案追究。一方面，这种畏首畏尾可能会助长犯罪分子的嚣张气焰，使犯罪分子逍遥法外甚至为其潜逃提供时间上的便利。另一反面，法院的天枰会出现失衡，法官不能保持中立、公正的状态，之后的判决可能也会受此影响。
最后，当上述三个障碍都被突破的时候，犯罪嫌疑人的合法权益谁来保障？例如，在完成了公安机关将其拘留，法院批准将其逮捕，检察机关随即提起公诉，法院接着做出有罪判决的程序之后发现，这些程序中间出现失误或者犯罪嫌疑人本身就是被冤枉的，犯罪嫌疑人找哪个有关部门伸冤，被损害的权利如何得到救济？借助媒体会被指责干预司法，能够解决此问题的只有人大，但实践过程中人大又有多少精力组织专门的调查委员会澄清事项？或者说这种情形在目前是种常态，人大代表是不是也得疲于奔命？
